Прямо в самый конец.
Введение в биоинформатику с использованием Perl
Эта первая неделя была бурной. Я только начал учиться на магистратуре Прикладная биоинформатика в Университете Крэнфилда. В течение часа после того, как мы сели, мы сталкиваемся с черным экраном и белым текстом командной строки и получаем команду начать программирование.
К счастью, когда мы начали, нам дали что-то среднее между введением и предупреждением; здесь нет сочинений и очень мало лекций, цель игры - писать код на нескольких языках до тех пор, пока вы не овладеете им хорошо.
В центре нашего внимания на этой неделе был Perl, семейство исторического программирования, используемое биологами повсюду. После краткого описания основных функций и типов данных, которые мы можем использовать, мы начали работу над письменными практическими буклетами. В них входили задачи, разработанные для постепенного наращивания нашей базы знаний о том, как применять Perl в соответствующей среде.
Я сразу же заинтересовался, потому что с самого начала было ясно, что все, что мы узнаем, будет полезно для нашего будущего. Это не были абстрактные задачи без реального применения. Скорее, к тому времени, когда мы получим наше задание в конце недели, мы сможем создать инструменты конвейера, которые можно будет использовать для раскрытия последовательности, структуры и сетей взаимодействия любого необходимого белка.
Если есть угол, который нужно сократить (и, что более важно, избегать строк кода), то я обычно заинтересован. Позже на неделе нас познакомили с BioPerl. Это набор инструментов с открытым исходным кодом, разработанных сообществом, которые можно использовать как отдельные модули или как часть более крупной программы.
По сути, после недели написания сценариев нам сказали, что они уже написаны. Конечно, без предварительной проработки наших задач мы не смогли бы понять, как функционируют пакеты BioPerl, и поэтому это не полностью обесценило наши усилия.
Кроме того, BioPerl является объектно-ориентированным, что похоже на следующий уровень. Для Perl мы пишем программы, которые обрабатывают полученные данные и выдают ответ. Однако для BioPerl мы определяем объекты, которые взаимодействуют друг с другом в программе. Вы можете прочитать это для лучшего объяснения.
Это был мой первый опыт программирования; Perl - это первый язык программирования, который я пытался изучить. Я обнаружил, что поначалу кривая обучения невероятно крутая, но постепенно вы приучаете к другому образу мышления.
Это удручающе логично, и хотя Perl должен быть более надежным и гибким языком (неофициальный девиз - есть более одного способа сделать это) по сравнению, скажем, с Python, факт остается фактом: здесь отсутствует точка с запятой. , или открытая скобка остановит весь прогресс. Так обстоит дело с любым кодом, который вы пишете, поэтому формирование правильных привычек стало ценным уроком.
Хотя сейчас кажется, что изучение Perl может иметь большее значение для понимания устаревшего кода, я стал получать от него удовольствие. Верблюд всегда был символом Perl, и хотя единственной официальной причиной является его появление на обложке первого издания Programming Perl by O'Reilly Media, легко увидеть параллели между обитателем пустыни и часто уродливым человеком. , но всегда устойчивый язык программирования.
