Могу ли я использовать класс и тип в своей онтологии OWL

Мне нужно иметь класс «Класс» (в пространстве имен) и свойство данных «Тип» (также в пространстве имен).

Технически это нормально и возможно, хотя остается задаться вопросом, зачем вам это нужно, поскольку OWL/RDF уже предоставляет вам и то, и другое.

Протеже смешно себя ведет, когда я их создаю.

Странно, он всегда казался мне безвкусным программным обеспечением. А если серьезно, то если он этого не позволяет, то это баг в Protege. Если, конечно, вы не рассказали нам всю историю и не пытаетесь сделать что-то еще, от чего вас предостерегает Protege.