Вызов R в java-Rcaller

Я пытаюсь реализовать кластеризацию с использованием R в java, используя R caller. Я пытаюсь запустить пример кода для проверки кластеризации и получаю распространенную ошибку, с которой сталкивается большинство пользователей: Преждевременный конец файла.

package test;
import rcaller.RCaller;
import java.io.File;
import java.lang.*;
import java.util.*;
import java.awt.image.DataBuffer;

public class test3 {
    public static void main(String[] args) {
        new test3();
    }

    public test3()
    {

        try{

            RCaller caller = new RCaller();
            caller.cleanRCode();

            caller.setRscriptExecutable("C:/Program Files/R/R-2.15.1/bin/x64/Rscript");
            caller.cleanRCode();

            caller.addRCode("library(clvalid)");
            caller.addRCode("data(mouse)");
            caller.addRCode("express <- mouse [,c(M1,M2,M3,NC1,NC2,NC3)]");
            caller.addRCode("rownames (express) <- mouse$ID ");
            caller.addRCode("intern <- clValid(express, 2:6 , clMethods = c( hierarchical,kmeans,diana,clara,model) ,validation = internal)");
            caller.addRCode("b <- summary(intern) ");
            caller.runAndReturnResult("b");
        }

        catch (Exception e){
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

r java cluster-analysis rcaller
person user2007506    schedule 24.01.2013    source источник
comment
Почему бы вам не использовать алгоритмы кластеризации на основе Java, такие как в ELKI?   -  person Has QUIT--Anony-Mousse    schedule 24.01.2013
comment
Мне нужно упаковать R-скрипт в java. Поэтому после выполнения кластеризации в R мы должны сохранить его как файл Jar.   -  person user2007506    schedule 25.01.2013

Ответы (1)


arrow_upward
3
arrow_downward

У вас есть некоторые орфографические ошибки в вашем коде. например clValid not clvalid , и вы пропускаете много кавычек, таких как "иерархический", ....

Я думаю, что лучше поместить свой код в скрипт и вызвать его из java следующим образом:

Runtime.getRuntime().exec("Rscript myScript.R");

где myScript.R:

library(clValid)
data(mouse)
express <- mouse [,c('M1','M2','M3','NC1','NC2','NC3')]
rownames (express) <- mouse$ID 
intern <- clValid(express, 2:6 , clMethods = c( 'hierarchical','kmeans',
                                               'diana','clara','model') ,
                                                validation = 'internal')
b <- summary(intern)
person agstudy    schedule 24.01.2013
comment
Спасибо за ваш ответ!! не могли бы вы сказать мне, где этот Rscript должен быть написан/хранен? .. Я новичок как в R, так и в Java - person user2007506; 25.01.2013
comment
Чтобы избежать проблемы с путями, вы можете определить вызов Rscript в пакетном файле, например здесь и вызовите его из java, например здесь - person agstudy; 25.01.2013
comment
Когда я вызываю пакетный файл из java, он показывает сообщение об ошибке. Доступ запрещен. Более того, я хочу упаковать R-скрипт в java, поэтому вызова R-скрипта из пакетного файла будет недостаточно. - person user2007506; 28.01.2013