Знаковая матрица расстояний в R

[Заметьте, я написал этот вопрос, потом нашел ответ. Я подумал, может быть, кто-то еще захочет узнать об этом, поэтому на всякий случай отправляю ответ. Я не уверен, что это «сделано»].

Предположим, мне нужна матрица расстояний со знаком для вектора, т.е. расстояния не всегда положительны, но могут быть отрицательными. Вы не можете использовать

dist ()

потому что он возвращает абсолютные значения.


r distance matrix
person Daniel Egan    schedule 19.02.2013    source источник

Ответы (2)


arrow_upward
2
arrow_downward

Вот еще один подход, который намного быстрее и требует меньше памяти:

y <- sample (1 : 4)
distmat <- outer (y, y, `-`)

дает:

> distmat
     [,1] [,2] [,3] [,4]  
[1,]    0    1    3    2  
[2,]   -1    0    2    1  
[3,]   -3   -2    0   -1  
[4,]   -2   -1    1    0

## not sure why you want the upper triangular NA
distmat[upper.tri(distmat,diag=TRUE)]<-NA

но вы, возможно, захотите:

> as.dist (distmat)
   1  2  3
2 -1      
3 -3 -2   
4 -2 -1  1
person cbeleites unhappy with SX    schedule 19.02.2013

arrow_upward
1
arrow_downward

Применение:

y<-seq(1:10)
distmat<-as.data.frame(apply(as.matrix(y),1,function(x) y-x))
distmat[upper.tri(distmat,diag=TRUE)]<-NA
person Daniel Egan    schedule 19.02.2013
comment
вы также можете получить distmat как replicate(length(y), y) - t(replicate(length(y), y)). - person Arun; 19.02.2013
comment
Кроме того, результат, который вы здесь создали, может быть получен dist(1:10, method="manhattan") - person Arun; 19.02.2013
comment
Просто надеюсь, что вы собираетесь использовать определение расстояния со знаком, как в en.wikipedia.org/wiki/Signed_distance, и в этом случае не совсем понятно, что у вас внутри / снаружи. Давайте проясним: расстояние по строгому определению неотрицательно. Вы ищете, что по сути является векторным местоположением (например, точка в (-3, -2), которая имеет евклидово расстояние sqrt (3 ^ 2 + 2 ^ 2) от начала координат)? - person Carl Witthoft; 19.02.2013
comment
@Arun, но OP специально запросил возможность получения отрицательных расстояний, что method = "manhattan" не выполняет (пример плох в том, что он не показывает этого требования. - person cbeleites unhappy with SX; 19.02.2013
comment
@cbeleites, да, я понимаю, но конечный результат убирает отрицательные значения. Вот почему я упомянул, что результаты, которые вы получили здесь ... скорее всего, должны были быть distmat[lower.tri(distmat, diag=TRUE)] <- NA. - person Arun; 19.02.2013