Понимание кластеризации дендограмм тепловой карты в R

Rowv и Colv определяют, следует ли переупорядочивать строки и столбцы набора данных, и если да, то как.

Возможные значения для них: TRUE, NULL, FALSE, вектор целых чисел или объект дендрограммы.

• В режиме по умолчанию TRUE Heatmap.2 выполняет кластеризацию с использованием параметров hclustfun и distfun. По умолчанию это завершает кластеризацию связей с использованием меры евклидова расстояния. Затем дендрограмма переупорядочивается с использованием средств строки/столбца. Вы можете контролировать это, определяя различные функции для hclustfun или distfun. Например, чтобы использовать манхэттенское расстояние, а не евклидово расстояние, которое вы должны сделать:

  heatmap.2(x,...,distfun=function (y) dist(y,method = "manhattan") )
  

  проверить ?dist и ?hclust. Если вы хотите узнать больше о кластеризации, вы можете начать с «измерений расстояния» и «методов агломерации».

• Если Rowv/Colv равно NULL или FALSE, то переупорядочение или кластеризация не выполняются, и матрица строится как есть.

• Если Rowv/Colv является числовым вектором, то кластеризация вычисляется как для TRUE, а переупорядочивание дендрограммы выполняется с использованием вектора, предоставленного Rowv/Colv.

• Если Rowv/Colv является объектом дендрограммы, то эта дендрограмма будет использоваться для переупорядочения матрицы. Объекты дендрограммы могут быть сгенерированы, например, с помощью:

  rowDistance = dist(x, method = "manhattan")
  rowCluster = hclust(rowDistance, method = "complete")
  rowDend = as.dendrogram(rowCluster)
  rowDend = reorder(rowDend, rowMeans(x))
  

  который генерирует полную кластеризацию на манхэттенском расстоянии, упорядоченную по средним значениям строк. Теперь вы можете передать rowDend в Rowv.

  heatmap.2(x,...,Rowv = rowDend)
  

  Это может быть полезно, если, например, вы хотите кластеризовать строки и столбцы по-разному, или использовать кластеризацию, которую вам дал кто-то другой, или вы хотите сделать что-то странное, что нельзя сделать, просто указав hclustfun и distfun. . Это то, что подразумевается под «дендрограммой соблюдается»: она используется вместо того, что указано в hclustfun и distfun.

Чтобы узнать, как именно он обрабатывает Rowv/Colv, вы также можете использовать body(heatmap) для отображения его источника.

Из руководства:

distfun : функция, используемая для вычисления расстояния (несходства) между строками и столбцами. По умолчанию расст.

hclustfun : функция, используемая для вычисления иерархической кластеризации, когда Rowv или Colv не являются дендрограммами. По умолчанию hclust. Должен принимать в качестве аргумента результат distfun и возвращать объект, к которому можно применить as.dendrogram.

dist() по умолчанию используется евклидово расстояние, а hclust() метод полной связи.