Установка модуля Python rpy2 после установки Enthought Canopy

Некоторые из моих скриптов Python используют rpy2 в качестве интерфейса для R, который отлично работал с предыдущим Python Enthought EPD.

Недавно я установил Canopy Python от Enthought. Теперь Python больше не находит модуль rpy2, и когда я пытаюсь его переустановить, я получаю следующие ошибки:

$ easy_install rpy2

[...]

Processing rpy2-2.3.5.tar.gz
Writing /var/folders/9n/qk8wf11d205b0lrr57wyg7k80000gp/T/easy_install-HIclIh/rpy2-2.3.5/setup.cfg
Running rpy2-2.3.5/setup.py -q bdist_egg --dist-dir /var/folders/9n/qk8wf11d205b0lrr57wyg7k80000gp/T/easy_install-HIclIh/rpy2-2.3.5/egg-dist-tmp-A3O60G
"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R" CMD config --ldflags
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 142: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 143: make: command not found
R was not built as a library
Invalid substring

in string

error: Setup script exited with Problem while running `"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R" CMD config --ldflags`

python r rpy2 enthought
person Martin    schedule 25.04.2013    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Ваша ошибка означает, что R не был собран с --enable-R-shlib или что при установке возникают трудности с поиском R. Вы также обновляли/переустанавливали/пересобирали R где-то в этом процессе? В Терминале, что является выводом следующих команд:

echo $R_HOME

и

ls $R_HOME/lib

Предположительно, первый показывает /Library/Frameworks/R.framework/Resources, который соответствует месту установки rpy, но есть ли у вас libR.dylib во втором?

Если нет, пробовали ли вы переустановить R?

person bbbruce    schedule 25.04.2013
comment
Спасибо за ответ! Оказалось, что мне пришлось пересобрать R, а для этого пришлось скачать инструменты командной строки Xcode. Вот что решило проблему: 1. Загрузите новейшую версию Xcode (4.6.2) 2. В XCode Preferences > Downloads > Install Tools Command line 3. Загрузите новейшую версию R 4. в папку R-3.0.0: ./configure --enable-R-shlib 5 .easy_install rpy2 - person Martin; 25.04.2013