Как глубоко копировать замыкающие объекты (приватные объекты) во время глубокого копирования

Это не очень хорошее решение, так как все функции, обращающиеся к вашей переменной "частных" ячеек, должны быть объявлены как this.someFunction вместо Board.prototype, поэтому каждый экземпляр Board будет иметь свои собственные функции, а не делиться ими.

Вот пример кода, который нарушил бы прототип (c instanceof b неверно), но, поскольку вы не можете использовать прототип, потому что вам нужен доступ к переменным замыкания в ваших функциях, это не имеет значения.

function Test(privates) { 
    var msg = [];
    if(privates!==undefined){
      msg=deepCopy(privates.msg,[]);
    }
    this.Message = function(newMsg) {
        if (newMsg) {
            msg.push(newMsg);
        } else {
            return msg;
        }
    }
    this.clone=function(){
      var orgMsg=msg
      var ret = function(){
        Test.call(this,{msg:orgMsg});
      }
      return deepCopy(this,new ret());
    }
}
// this does not set prototype correctly
function deepCopy(from,to) {
    if(from == null || typeof(from) != 'object') {
        return from;
    }
    for(var key in from) {
      // this.Message has closure ref to msg
      // you can't copy it because we've set a new
      // closure ref
      if(typeof from[key]!=="function"){
        to[key] = deepCopy(from[key]);
      }
    }
    return to;  
}

var b = new Test();
b.Message("Before cloning");
console.log("b message before cloning:",b.Message());
var c = b.clone();
console.log("c message after cloning:",c.Message());
b.Message("From BB after Clone");
console.log("c message after pushing new item in b:",c.Message());
c.Message("From CC after Clone");
console.log("b message after pushing new item in c:",b.Message());
console.log("c message after pushing new item in b:",c.Message());

[ОБНОВЛЕНИЕ]

Почему это плохой дизайн, потому что вы не можете объявить свои методы объекта как прототип:

Test.prototype.Message(){
 //here the msg variable doesn't exist
}

Это заставляет вас объявлять все ваши методы в теле теста с синтаксисом «this.someFunction». Если вы создаете несколько экземпляров Test, каждый из них имеет собственный набор методов, выполняющих одно и то же. Чтобы сэкономить ресурсы, вы должны использовать прототип, но тогда вы не можете получить доступ к переменным закрытия в этих функциях, поэтому вы не можете. Пожалуйста, прочитайте это об основах прототипа: Прототипное наследование - запись

Может быть, если у вас есть только пара экземпляров, это не имеет значения, но технически вы не можете клонировать эти объекты. Настоящим клоном b в приведенном выше коде будет typeof Test, но в приведенном выше коде клонированный экземпляр «b», называемый «c», не является typeof Test, и я не могу увидеть, как установить его, не нарушая вновь установленную переменную закрытия, называемую "сообщение".

Этого нельзя сделать, так как переменная "private" является локальной для функции (конструктора). При том, как работает JS, даже путем клонирования функций вы все равно получите указатель из исходного объекта (http://jsfiddle.net/kBzQP/),

function deepCopy(o) {
    if(o == null || typeof(o) != 'object') {
        return o;
    }

    var newObj = new o.constructor();

    for(var key in o) {
        newObj[key] = deepCopy(o[key]);
    }

    return newObj;  
}

если вы не клонируете функции, вы получаете совершенно новый набор частных переменных со всеми клонированными общедоступными переменными (http://jsfiddle.net/kBzQP/3/).

function deepCopy(o) {

    if(o == null || typeof(o) != 'object') {
        return o;
    }

    var newObj = new o.constructor();

    for(var key in o) {
        if(typeof(o) != 'function') continue;
        newObj[key] = deepCopy(o[key]);
    }

    return newObj;  
}

Лучший способ справиться с этим — сделать ваши частные переменные общедоступными, но дать им другое соглашение об именах, например «_myPrivateVariable». Таким образом, переменные будут клонированы, и любой, кто использует ваш класс, будет знать, что это частная переменная.

Итак, в вашем случае это будет:

Board = function()
    {
        this._cells = [8];


        /**
         * Initializing every cell using numeric format.
         * */
        for (var i=0 ; i<8; i++){
            this._cells[i] = [8];
            for (var j=0 ; j<8; j++)
                this._cells[i][j] = new Cell(new Position(i,j));
        }

                ....
}

Для справки проверьте здесь: Копировать объект javascript с закрытым членом

Используйте $.extend():

var testObj = function() {
    var rand = Math.random(0, 1);
    this.r = function() { 
        return rand; 
    };
    this.changeRand = function() {
        rand = Math.random(0, 1);
    };
};
var obj1 = new testObj();
alert(obj1.r());
obj1.changeRand();
alert(obj1.r());
var obj2 = $.extend(true, {}, obj1);
alert(obj2.r());
alert(obj1.r() === obj2.r()); // true

JSFiddle

Таким же образом вы должны использовать его для своей доски:

var Board = function() {
        var cells = [8];
        /**
         * Initializing every cell using numeric format.
         * */
        for (var i=0 ; i<8; i++){
            cells[i] = [8];
            for (var j=0 ; j<8; j++)
                cells[i][j] = new Cell(new Position(i,j));
        }
}
var board = new Board(),
    copy = $.extend(true, {}, board);

Обычно я стараюсь не использовать jQuery, но в данном случае это кажется идеальным...