Какой инструмент аннотации лучше всего подходит для семантической сети или онтологий?

Инструменты в этом списке весьма разнообразны. Обуви и annotea сейчас довольно старые, я бы, наверное, не стал беспокоиться. Annozilla - это плагин firefox, который также может взаимодействовать с сервером annotea, он может быть лучше и современнее, но я его не пробовал.

Было еще одно хорошее расширение firefox для аннотаций, я точно забыл, что это было, но оно могло развиться в следующее: http://www.zotero.org/ В любом случае выглядит интересно.