Визуализация графа с помощью igraph и R

Я пытаюсь визуализировать графики в R с помощью пакета igraph. Я хочу визуализировать графики с размером ребер от 2000 до 70 000. Сюжеты выглядят так:

Это не очень красивый сюжет, так как вы ничего не видите. Я придумал, как убрать метки, но вы все равно ничего не видите, так как вершины такие большие.

  1. Могу ли я удалить вершины и просто смотреть на края?

Например, вот тот же сюжет, но я сделал снимок до того, как он был закончен. Кажется, что R только рисует края до того, как закончить:

введите описание изображения здесь


r visualization igraph graph-visualization
person CodeKingPlusPlus    schedule 27.07.2013    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
9
arrow_downward

Вы можете установить размер вершины равным 0.

library(igraph)
g <- barabasi.game(100)
plot( g, vertex.size=0, vertex.label=NA, edge.arrow.size=0 )

Пример графика

person Vincent Zoonekynd    schedule 27.07.2013
comment
Нужно ли указать другие алгоритмы компоновки? Я попробовал, и это именно то, что я искал (как ни странно, не было в документации). Это не похоже на мою картинку выше. - person CodeKingPlusPlus; 28.07.2013
comment
Сюжет был создан с использованием именно этого кода, и ничего другого. Большинство параметров перечислены в ?igraph.plotting, но они должны иметь префикс vertex. или edge.. В зависимости от вашего графика макет по умолчанию может быть не лучшим выбором (моим примером было дерево - его намного проще построить): вы можете проверить ?layout, чтобы увидеть полный список алгоритмов макета. Для построения больших графиков многие люди используют Gephi, который (будучи интерактивным) может быть более гибким. - person Vincent Zoonekynd; 28.07.2013
comment
С vertex.size=0 igraph по-прежнему рисует очень маленькие вершины. Лучше установить форму none: plot(..., vertex.shape="none", vertex.size=0). - person Gabor Csardi; 28.07.2013