Разве это соглашение не должно быть обратным?
Конфигурация настольного приложения
cfg.width = 454;
cfg.height = 756;
// Logcat также показывает, что ожидается
Gdx.app.log("height",Integer.toString(Gdx.graphics.getHeight()));.//756
Gdx.app.log("width",Integer.toString(Gdx.graphics.getWidth()));//454
но тогда это:
shapeRenderer.line(40, 400, 700, 400);
производит эту строку: