как сравнить текст между тегами xml с помощью perl

Ваш вопрос немного расплывчатый. Непонятно, куда идет каждый фрагмент XML. Один файл? несколько файлов? Один фрагмент на файл? Несколько? Если данные находятся в нескольких файлах, как связать элемент ce:affilliation с соответствующим элементом sa:affilliation, особенно если вы проверяете, совпадают ли два текста? Почему в sa:affilliation нет страны? Где объявляются пространства имен?

Предполагая, что 2 части данных находятся в 2 файлах, а префиксы пространства имен не меняются:

#!/usr/bin/perl

use strict;

use warnings;

use XML::Twig;
use Test::More;

my $DEFAULT_COUNTRY= "The Netherlands";

# usage is <tool> <ce file> <sa file>
my( $ce_file, $sa_file)= @ARGV;

my $ce= XML::Twig->new->parsefile( $ce_file)->root;
my $ce_text = $ce->field( 'ce:textfn');

my $sa= XML::Twig->new->parsefile( $sa_file)->root;

# add the country if not present
if( ! $sa->first_child( 'sa:country')) 
  { $sa->insert_new_elt( last_child => 'sa:country' => $DEFAULT_COUNTRY); }

my $sa_text= join( ', ', $sa->children_text);

is( $ce_text, $sa_text, "checking " . $ce->id);

done_testing();

Вы можете использовать XML::XPath для поиска узлов, которые вы хочу. Затем просто проверьте, являются ли два узла string_value neq.

наконец, я нашел этот код, но есть ли способ получить этот текст ce: affillition и sa: affillition без использования условия if else, потому что он не выполнил какое-то условие.

#!/usr/bin/perl  
@files = <*.xml>;
open my $out, '>', 'output.xml' or die $!;
foreach $file (@files) {
open   (FILE, "$file");
$a =1;
while(my $line= <FILE> ){
do{
if ($line =~ /<ce:affiliation id=\"aff$a\">(.+?)<ce:textfn>(.+?)<\/ce:textfn><sa:affiliation>(.+?)<\/sa:affiliation><\/ce:affiliation>/){
$count = $3;
$textfn = $2;
print ("$count\n");
print ("$textfn\n");
if ($count =~ /<\/sa:(.+?)>/){
$count =~ s/<\/sa:organization>/, /g;
$count =~ s/<\/sa:city>/, /g;
$count =~ s/<\/sa:country>/, /g;
$count =~ s/<\/sa:state>/, /g;
$count =~ s/<sa:organization>//g;
$count =~ s/<sa:city>//g;
$count =~ s/<sa:country>//g;
$count =~ s/<sa:state>//g;
chop($count);
chop($count);
if($count ne $textfn){
print $out("$file affilliation $a is mismatch\n");}}}
else{
if($line =~ /<ce:affiliation id=\"aff$a\">(.+?)<ce:textfn>(.+?)<\/ce:textfn><\/ce:affiliation>/){
print $out("$file sa:affilliation missing for $a\n");}}
$a=$a+1;}
while($line =~ /aff$a/);}}

Для этого условия xml я получаю неправильный результат

 <ce:affiliation id="aff1"><ce:label>a</ce:label><ce:textfn>Department of Urology, Radboud University Nijmegen Medical Center, Nijmegen, The Netherlands</ce:textfn><sa:affiliation><sa:organization>Department of Urology</sa:organization><sa:organization>Radboud University Nijmegen Medical Center</sa:organization><sa:city>Nijmegen</sa:city><sa:country>The Netherlands</sa:country></sa:affiliation></ce:affiliation><ce:affiliation id="aff2"><ce:textfn>Norris Comprehensive Cancer Center, University of Southern California Institute of Urology, Los Angeles, California</ce:textfn></ce:affiliation><ce:affiliation id="aff3"><ce:label>c</ce:label><ce:textfn>Department of Urology, Stanford University, Stanford, California</ce:textfn><sa:affiliation><sa:organization>Department of Urology</sa:organization><sa:organization>Stanford University</sa:organization><sa:city>Stanford</sa:city><sa:state>California</sa:state></sa:affiliation></ce:affiliation><ce:correspondence id="cor1"></article>

Наконец я получил требуемый результат.

#!/usr/bin/perl  
@files= <*.xml>;
open my $out, '>', 'output.xml' or die $!;
foreach $file (@files){
open   (FILE, "$file");
my $a =1;
while(my $line= <FILE> ){
do{
if($line =~ /<ce:affiliation id=\"aff$a\">(.+?)<\/ce:affiliation>/){
$count=$1;
if($count =~ /<ce:label>/){
$count=~ s/<ce:label>(.+?)<\/ce:label>//;}
if($count =~ /<sa:affiliation>/){
if($count =~ /<ce:textfn>(.+?)<\/ce:textfn><sa:affiliation>(.+?)<\/sa:affiliation>/){
$textfn=$1;
$sff=$2;
$sff =~ s/<\/sa:organization>/, /g;
$sff =~ s/<\/sa:city>/, /g;
$sff =~ s/<\/sa:country>/, /g;
$sff =~ s/<\/sa:state>/, /g;
$sff =~ s/<sa:organization>//g;
$sff =~ s/<sa:city>//g;
$sff =~ s/<sa:country>//g;
$sff =~ s/<sa:state>//g;
chop($sff);
chop($sff);}
if($textfn ne $sff){
print $out("$file ce:aff and sa:aff  mismatch in aff$a\n");}
if($textfn =~ /<ce:sup>/){
print $out("$file check label aff$a\n");}}
else{
if($line =~ /\"art520.dtd\"/){
print $out("$file strct affilition missing for aff$a\n");
}}}
$a=$a+1;
}while($line =~ /aff$a/);}}