узнать время выполнения и сравнить время выполнения двух файлов, используя PERL или сценарий оболочки

Что именно вы подразумеваете под «последними выполненными разами»? Мой ответ работает с последним временем модификации:

В оболочке вы можете использовать тесты -nt и -ot:

if [ "$file1" -nt "$file2" ] ; then
    echo "$file1 is newer than $file2."
fi

В Perl используйте проверку файла -M:

if (-M $file1 < -M $file2) {
    print "$file1 is newer than $file2.\n";
}