Мне нужна помощь с ошибкой компоновщика, которую я получаю во время установки пакета Rcpp в системе Linux, где у меня нет прав администратора. Короче говоря, я получаю эту ошибку:
перемещение R_X86_64_32 против `.rodata' нельзя использовать при создании общего объекта; перекомпилировать с -fPIC
У меня есть файл solve.cpp
, который использует внешнюю библиотеку interp2d, которая, в свою очередь, зависит от GSL. Я указываю свои зависимости через [[Rcpp::depends(RcppArmadillo,RcppGSL)]]
и в файле DESCRIPTION
. Мои Makevars такие же, как в пакете RcppGSL, с добавлением флага linterp2d:
PKG_CPPFLAGS = -W $(GSL_CFLAGS) $(LOCAL_INCLUDE)
PKG_LIBS += $(GSL_LIBS) $(LOCAL_LIBS) -linterp2d $(RCPP_LDFLAGS)
где я определяю переменные среды
export LOCAL_INCLUDE="-I/data/uctpfos/local/include/"
export LOCAL_LIBS="-L/data/uctpfos/local/lib/"
в системе.
Делаю R CMD INSTALL bkPackage
и вижу:
g++ -I/cm/shared/apps/R/3.0.1/lib64/R/include -DNDEBUG -W -I/cm/shared/apps/gsl/1.15/include -I/data/uctpfos/local/include -fPIC -I/usr/local/include -I"/data/uctpfos/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/include" -I"/data/uctpfos/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0/RcppArmadillo/include" -I"/data/uctpfos/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0/RcppGSL/include" -fpic -O3 -fPIC -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
g++ -I/cm/shared/apps/R/3.0.1/lib64/R/include -DNDEBUG -W -I/cm/shared/apps/gsl/1.15/include -I/data/uctpfos/local/include -fPIC -I/usr/local/include -I"/data/uctpfos/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/include" -I"/data/uctpfos/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0/RcppArmadillo/include" -I"/data/uctpfos/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0/RcppGSL/include" -fpic -O3 -fPIC -c solve.cpp -o solve.o
Проблемы появляются после этого на этапе связывания:
g++ -shared -L/usr/local/lib64 -o bkPackage.so RcppExports.o solve.o -L/cm/shared/apps/gsl/1.15/lib -lgsl -lgslcblas -lm -L/data/uctpfos/local/lib -linterp2d -L/data/uctpfos/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/lib -lRcpp -Wl,-rpath,/data/uctpfos/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/lib
Ошибка выглядит следующим образом:
/usr/bin/ld: /data/uctpfos/local/lib/libinterp2d.a(interp2d_spline.c.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
/data/uctpfos/local/lib/libinterp2d.a: could not read symbols: Bad value
Как видите, я скомпилировал это с параметром -fPIC, так что этого быть не может.
libinterp2d.a
не был скомпилирован с-fPIC
; вы уверены, что он также был скомпилирован с включенным-fPIC
? Кроме того, кажется, что у вас обоих есть-fpic
и-fPIC
в ваших флагах; вы, вероятно, просто хотите-fPIC
. Я думаю, чтоR
на самом деле гарантирует, что он включен по умолчанию. - person Kevin Ushey   schedule 13.01.2014