порядок выполнения функции ссылки директивы

Для этого вы воспользуетесь контроллером директивы. Это будет класс, определяющий метод для регистрации вложенных контроллеров и еще один для выполнения нужной команды (здесь $(...).layout(...)) для этого элемента и затем для всех его дочерних элементов. Это означает, что внешняя директива отвечает за координацию создания макетов.

Полный код примера:

app.directive("y", function() {
    function Controller($element) {
        this.$element = $element;
        this.children = [];
    }

    Controller.prototype.register = function(child) {
        this.children.push(child);
    };

    Controller.prototype.execute = function() {
        console.log("PAYLOAD: " + this.$element.attr("id"));
        for( var i=0; i < this.children.length; i++ ) {
            this.children[i].execute();
        }
    };

    return {
        require: "y",
        controller: ["$element", Controller],
        link: function(scope, element, attrs, ctrl) {
            var e = element.parent(), nested = false;
            while( e != null ) {
                if( e.controller("y") != null ) {
                    e.controller("y").register(ctrl);
                    nested = true;
                    break;
                }
                e = e.parent();
                if( typeof(e.tagName) === "undefined" ) break; //XXX Needed, at least for fiddle
            }
            if( !nested ) ctrl.execute();
        }
    };
});

Замените строку console.log("PAYLOAD: " + this.$element.attr("id")); фактическим кодом для запуска. См. соответствующую скрипку: http://jsfiddle.net/8xSjZ/

Если бы внешняя директива отличалась от текущей, получить родительский контроллер было бы так же просто, как потребовать "?^y". В этом случае он дает нам текущий контроллер, поэтому мы должны сами зациклиться (e.parent()).

В зависимости от конкретного варианта использования может подойти функция compile. compile функции выполняются перед link функциями и, что более важно, в обратном порядке. Значение родителя в первую очередь.

app.directive("ui-layout", function() {
  return {
    restrict: 'E',
    compile: function(element, attrs) {
               //do layout stuff here
               //return a link function or nothing

Другим решением может быть выполнение соответствующего кода ваших дочерних директив с помощью $timeout.

app.directive("ui-layout-center", function($timeout) {
  return {
    restrict: 'E',
    link: function(scope, element, attrs) {
            $timeout(function() {
              //do layout stuff later
             }, 0);