Вам нужно будет откуда-то получить сборки, для этого вам нужно будет передать содержимое сборки и вызвать Assembly.load(byte[] rawAssembly).

Хорошо, я понял это. Я использовал отражения, чтобы получить сборку, а затем сериализовал тип сборки. Сборка предоставляет только информацию о свойствах сборки физического файла и не содержит полного графа файла. Надеюсь, это кому-нибудь поможет, урок усвоен!

Так что я просто использовал это на контроллере, а затем на клиенте.

    public MemoryStream Get()
    {
        List<MemoryStream> leadTypeAssemblyStreams = new List<MemoryStream>();

        foreach (string dllAssembly in _leadTypeNamespaces)
        {
            using (MemoryStream ms = new MemoryStream())
            {
                string filename = dllAssembly;

                if (!filename.Contains(".dll"))
                    filename = filename + ".dll";

                using (FileStream file = new FileStream(AssemblyDirectory + "\\" + filename, FileMode.Open, FileAccess.Read))
                {
                    byte[] bytes = new byte[file.Length];
                    file.Read(bytes, 0, (int)file.Length);
                    ms.Write(bytes, 0, (int)file.Length);
                    file.Close();

                    leadTypeAssemblyStreams.Add(ms);
                    ms.Close();
                }
            }    
        }

        return new MemoryStream(SerializeObj(leadTypeAssemblyStreams));
    }

    internal static string AssemblyDirectory
    {
        get
        {
            string codeBase = Assembly.GetExecutingAssembly().CodeBase;
            UriBuilder uri = new UriBuilder(codeBase);
            string path = Uri.UnescapeDataString(uri.Path);
            return Path.GetDirectoryName(path);
        }
    }


    internal static byte[] SerializeObj(object obj)
    {
        using (MemoryStream stream = new MemoryStream())
        {
            BinaryFormatter formatter = new BinaryFormatter();

            formatter.Serialize(stream, obj);

            byte[] bytes = stream.ToArray();
            stream.Close();

            return bytes;
        }
    }

Теперь я могу просто вызвать GetDeserializedFileStreamPaths(stream), и он вернет физический путь к файлам, которые были переданы из WebApi. Вот мой класс WebApiClient, на который будет ссылаться пользовательский интерфейс.

public class LFGWebApiClientHelpers
{
    public List<Type> GetLeadTypes(Stream stream)
    {
        List<string> assembliesFilePath = GetDeserializedFileStreamPaths(stream);
        List<Assembly> assemblies = new List<Assembly>();

        foreach (string filePath in assembliesFilePath)
        {
            assemblies.Add(Assembly.LoadFile(filePath));
        }

        List<Type> leadTypes = new List<Type>();

        foreach (Assembly asm in assemblies)
        {
            Type leadType = asm.GetTypes().Where(x => x.GetCustomAttributes(typeof(WebApiExportedTypeAttribute), false).Length > 0).FirstOrDefault(x => x.Name.Contains("Lead"));
            leadTypes.Add(leadType);
        }

        return leadTypes;
    }

    private static List<string> GetDeserializedFileStreamPaths(Stream stream)
    {
        try
        {
            List<string> assembliesPath = new List<string>();
            IFormatter formatter = new BinaryFormatter();
            List<MemoryStream> leadTypeAssemblyStreams = formatter.Deserialize(stream) as List<MemoryStream>;

            int fileNumber = 1;

            string leadTypeAsseblyDirectory = AssemblyDirectory.Replace("bin", "DownloadedLeadTypeAssemblies");

            if (!Directory.Exists(leadTypeAsseblyDirectory))
                Directory.CreateDirectory(leadTypeAsseblyDirectory);
            try
            {
                if (leadTypeAssemblyStreams == null)
                    throw new Exception("Lead type assembly stream cannot be null.");

                    foreach (MemoryStream leadTypeAssemblyStream in leadTypeAssemblyStreams)
                    {
                        string localFileLocation = leadTypeAsseblyDirectory +
                                                   string.Format("\\LeadType{0}.dll", fileNumber);

                        //add path for return type
                        assembliesPath.Add(localFileLocation);
                        using (
                            FileStream file = new FileStream(localFileLocation, FileMode.Create, FileAccess.Write))
                        {
                            leadTypeAssemblyStream.WriteTo(file);
                            leadTypeAssemblyStream.Close();
                        }

                        fileNumber++;
                    }
            }
            catch (Exception ex)
            {
                throw new LGFException().SetMessage(ex);
            }

            stream.Close();

            return assembliesPath;
        }
        catch (Exception ex)
        {
            throw new LGFException().SetMessage(ex, "There was a problems during the deserializtion of LeadTypes.");
        }
    }

    private static string AssemblyDirectory
    {
        get
        {
            string codeBase = Assembly.GetExecutingAssembly().CodeBase;
            UriBuilder uri = new UriBuilder(codeBase);
            string path = Uri.UnescapeDataString(uri.Path);
            return Path.GetDirectoryName(path);
        }
    }
}