Создайте многомерный график подобия

Я пытаюсь изучить и внедрить спектральную кластеризацию в многомерном наборе данных в R. У меня есть 9 независимых переменных и 1 зависимая переменная, которая является двоичной.

В качестве первого шага к спектральной кластеризации мне необходимо создать график из заданного набора данных (у меня около 1000 наблюдений). Поскольку я только начинаю, меня не волнует метод, используемый для создания графа, но будет лучше, если он будет использовать k-ближайших соседей.

Я наткнулся на функцию nng в пакете cccd, которая создает график. Я использовал следующее:

knnGraph<-nng(as.matrix(data[2:10]),k=3)

Это работает нормально, за исключением того, что когда я пытаюсь визуализировать график с помощью plot(knnGraph), я получаю следующую ошибку:

Error in layout.norm(layout, -1, 1, -1, 1) : 
  `layout' should have 2 or three columns

Я не уверен, как поступить, любая помощь будет высоко оценена. Я также пытался найти пошаговое руководство по реализации спектральной кластеризации в R, но не смог его найти. Любые указатели на любой такой ресурс также будут высоко оценены.


r graph cluster-analysis knn spectral
person Patthebug    schedule 07.05.2014    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Похоже, ngng хочет как минимум двухмерную матрицу. Этот пример, казалось, работал

library(cccd)
data<-runif(50)
knnGraph<-nng(matrix(data[2:10], ncol=2),k=3)
plot(knnGraph)

Обратите внимание, что я изменил as.matrix на matrix и добавил nol=2, чтобы придать ему второе измерение. Я никогда раньше не использовал ни эту функцию, ни этот пакет, поэтому я понятия не имею, что на самом деле нужно в этом параметре, но похоже, что матрица 9x1, возвращаемая as.matrix(data[2:10]), не собиралась ее сокращать.

person MrFlick    schedule 07.05.2014
comment
Спасибо за ваш ответ, но, похоже, он не работает с моим набором данных. Ваш data имеет 50 элементов (все принадлежат 1 переменной), тогда как мой data представляет собой фрейм данных с 10 переменными. Другими словами, моему ncol уже 9, что и является причиной этой проблемы. Я все еще получаю ту же ошибку. - person Patthebug; 08.05.2014
comment
Ну, данные определенно выглядели как вектор для меня. Вот почему всегда полезно предоставлять примеры данных при публикации вопроса. В любом случае, функция, кажется, любит матрицы только с 2 или 3 столбцами. Так что, возможно, вы передаете неправильный тип данных. Документация не настолько описательная. Возможно, вы можете обратиться к ссылке, которую они предоставляют, чтобы увидеть, работает ли метод с более высокими измерениями: D.J. Марчетт, Случайные графики для распознавания статистических образов, John Wiley & Sons, 2004 г. - person MrFlick; 08.05.2014