Как я могу читать grib-файлы grib в R?

Я пытаюсь открыть данные об осадках MUlti-sensor от eumetsat в R. Я могу получить эти данные только с помощью метода сжатия GZIP и типа формата данных GRIB. Когда я загружаю данные, я получаю tar-файл. Как я могу открыть эти данные в R? Я пробовал использовать код

> untar("1098496-1of1")

но появилось сообщение об ошибке

Error in gzfile(path.expand(tarfile), "rb") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In gzfile(path.expand(tarfile), "rb") :
  cannot open compressed file '1098496-1of1', probable reason 'No such file or directory'

но я, когда использую следующий код:

> dir.create("rainfalldataeumetstatR") 
> getwd() 
[1] "C:/Users/st/Documents" 
> untar("1098496-1of1.tar")
> untar("1098496-1of1.tar", files="rainfalldataeumetstatR")
> list.files("rainfalldataeumetstatR")

У меня нет файлов в каталоге, но я получаю ответ:

character(0)

Может быть, эта ошибка возникает из-за того, что файлы в tar zip являются архивами gz?


r grib
person user3642191    schedule 15.05.2014    source источник
comment
Убедитесь, что вы находитесь в правильном каталоге с помощью getwd().   -  person josliber♦    schedule 15.05.2014
comment
Я уже сделал это и получил [1] C: / Users / st / Documents, и мой файл находится в том же каталоге ... Полное имя моего g = файла - 1098496-1of1, тип файла - архив WinRAR. (.tar). Может проблема в имени файла?   -  person user3642191    schedule 15.05.2014
comment
Ах да, тогда вам нужно передать "1098496-1of1.tar" функции   -  person josliber♦    schedule 16.05.2014
comment
На самом деле это не вопрос R, а вопрос наивного пользователя Windows или Mac. Обратите внимание на содержание сообщений об ошибках. R говорит, что не может найти файл, вам нужно поверить сообщению и решить эту проблему.   -  person IRTFM    schedule 16.05.2014
comment
Спасибо, но когда я использую следующий код: dir.create (rainfalldataeumetstatR) ›getwd () [1] C: / Users / st / Documents› #ntar (1098496-1of1.tar) ›untar (1098496-1of1.tar, files = rainfalldataeumetstatR) ›list.files (rainfalldataeumetstatR) У меня нет файлов в моем каталоге и я получаю ответ: символ (0)   -  person user3642191    schedule 16.05.2014
comment
это потому, что искомого файла нет в архиве? Попробуйте untar("1098496-1of1.tar"); list.files() или untar("1098496-1of1.tar",list=TRUE) ...   -  person Ben Bolker    schedule 16.05.2014
comment
Я попытался запустить untar (1098496-1of1.tar, list = TRUE), но получил список с 284 файлами gz. Я не могу понять, как их открыть для одного фрейма данных? Список выглядит как untar (1098496-1of1.tar, list = TRUE) [1] MSG1-SEVI-MSGMPEG-0100-0100-20130101235500.000000000Z-1098496.gz [2] MSG1-SEVI-MSGMPEG-0100-0100-20130101235000.000000000Z- 1098496.gz [3] MSG1-SEVI-MSGMPEG-0100-0100-20130101234500.000000000Z-1098496.gz ...   -  person user3642191    schedule 16.05.2014

Ответы (3)


arrow_upward
0
arrow_downward

Я тоже боролся с открытием файлов GRIB в R. У вас есть несколько проблем, и вы можете решать их одну за другой.

Для проблем с распаковкой и gzip работайте из командной строки. Я не знаю, как создается / упаковывается tar-пакет из Eumetsat; создает ли он каталог и помещает в него все файлы данных? В этом случае поместите архив в каталог данных верхнего уровня, а затем

tar xvf tar_file_name cd (в только что созданный каталог) gunzip * .gz Запишите полный путь к файлам, которые вы хотите открыть для дальнейшего использования.

Находятся ли файлы в GRIB1 или GRIB2? Если в GRIB1, вам нужно установить wgrib. Если в GRIB2, вам нужно установить wgrib2. Оба доступны в NCEP.

Вы можете скачать их с: http://www.cpc.ncep.noaa.gov/products/wesley/

В R, 3.1 и новее вы устанавливаете пакет rNOMADS 2.0.1 и новее. Национальная система архива и распространения операционных моделей NOAA (NOMADS) распределяет глобальные сеточные данные в формате GRIB (в настоящее время в GRIB2).

rNOMADS помогает вам открывать данные GRIB1 и GRIB2 в R, вызывая wgrib или wgrib2 для декодирования двоичных данных GRIB и передачи их (в формате csv) для чтения R.

Откройте R, загрузите rNOMADS, а затем вызовите процедуру ReadGrib, используя полный путь к вашему файлу данных в «data_file_name». Это не тот способ, который описан в документации rNOMADS, но он работает.

Установка wgrib и wgrib2 - единственная сложная часть, и это может быть даже не так сложно, в зависимости от вашей системы. Я пишу руководства о том, как установить wgrib, wgrib2 и использовать rNOMADS с локальными файлами данных. Когда я закончу, они будут размещены здесь:

http://rda.ucar.edu/datasets/ds083.2/#!software

А теперь плохие новости: вам нужно открывать каждый файл последовательно. Но вы можете извлечь и сохранить нужные подполя, а затем прочитать их в следующем файле данных, перезаписав большую структуру данных, в которую вы читали предыдущий файл. Если это слишком много для PITA, рассматривали ли вы возможность использования инструмента GRADS для отображения данных GRIB?

person user2565322    schedule 26.08.2014

arrow_upward
0
arrow_downward

Нет собственного способа читать файлы grib в R. Используйте wgrib или wgrib2 в зависимости от того, находится ли ваш файл в формате grib или grib2. Я менеджер пакетов для rNOMADS - и поверьте мне, мы пытались найти простой способ R, но в итоге отказались от него. Возможно, люди из NCEP когда-нибудь это сделают, но это выходит за рамки нашего диапазона навыков.

person Danny Bowman    schedule 30.08.2014

arrow_upward
0
arrow_downward

Лично я распаковываю свои файлы с помощью cygwin еще и потому, что пакет wgrib в cygwin позволит вам получить файл инвентаризации, чтобы вы могли сообщить R, какие данные содержатся на каждом уровне. При условии, что данные grib1 r могут читать их напрямую. Grib2 требует wgrib2 на вашем компьютере, RNomads работает над этой проблемой.

Хорошо, я недавно нашел отличный веб-сайт, на котором показано, как установить wgrib, чтобы он мог работать в R вместе с rNOMADS.

https://bovineaerospace.wordpress.com/2015/04/26/how-to-install-rnomads-with-grib-file-support-on-windows/#comments

person Badger    schedule 16.05.2014