Как добавить полосу прокрутки для длинных JComponents в JPanel? Как центрировать JComponent?

Вы заявляете:

... а для другого размеры (5000, 150).

Если это компонент, который должен отображать полосы прокрутки, Java говорит вам об обратном, что на самом деле он намного короче, чем вы предполагаете. Интересно, устанавливаете ли вы размер вместо предпочитаемого размера. На самом деле вы также не должны устанавливать, а скорее должны переопределить getPreferredSize() и вернуть размер, соответствующий компоненту.

Для получения более подробной справки рассмотрите возможность создания и публикации минимального примера программы.

Изменить
Например, мой MCVE:

import java.awt.BorderLayout;
import java.awt.Color;
import java.awt.Dimension;
import java.awt.Graphics;
import java.awt.Graphics2D;
import java.awt.GridBagLayout;
import java.awt.RenderingHints;

import javax.swing.*;

@SuppressWarnings("serial")
public class PreferredSizeEg extends JPanel {
   private static final int PREF_W = 800;
   private static final int PREF_H = 600;

   public PreferredSizeEg() {
      JPanel centerPanel = new JPanel(new GridBagLayout());
      centerPanel.add(new CenterImagePanel());

      JScrollPane scrollpane = new JScrollPane(new LongImagePanel(),
            JScrollPane.VERTICAL_SCROLLBAR_NEVER,
            JScrollPane.HORIZONTAL_SCROLLBAR_ALWAYS);

      setLayout(new BorderLayout());
      add(centerPanel, BorderLayout.CENTER);
      add(scrollpane, BorderLayout.PAGE_END);
   }

   @Override
   public Dimension getPreferredSize() {
      return new Dimension(PREF_W, PREF_H);
   }

   private class LongImagePanel extends JPanel {
      private static final int LI_PREF_W = 5000;
      private static final int LI_PREF_H = 150;

      @Override
      protected void paintComponent(Graphics g) {
         super.paintComponent(g);
         Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
         g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);

         int index = 0;
         int spriteWidth = 50;
         while ((index) * spriteWidth < getWidth()) {
            Color c = index % 2 == 0 ? Color.green : Color.red;
            g.setColor(c);
            int x = 2 + index * spriteWidth;
            int y = 2;
            int width = getHeight() - 4;
            int height = width;
            g.fillOval(x, y, width, height);
            index++;
         }
      }

      @Override
      public Dimension getPreferredSize() {
         return new Dimension(LI_PREF_W, LI_PREF_H);
      }
   }

   private class CenterImagePanel extends JPanel {
      private static final int CIP_PREF_W = 200;
      private static final int CIP_PREF_H = CIP_PREF_W;

      public CenterImagePanel() {
         setBorder(BorderFactory.createLineBorder(Color.BLACK));
      }

      @Override
      protected void paintComponent(Graphics g) {
         super.paintComponent(g);
         Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
         g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
         g.setColor(Color.green);
         int x = 5;
         int y = x;
         int width = getWidth() - 2 * x;
         int height = getHeight() - 2 * y;
         g.fillOval(x, y, width, height);
      }

      @Override
      public Dimension getPreferredSize() {
         return new Dimension(CIP_PREF_W, CIP_PREF_H);
      }
   }

   private static void createAndShowGui() {
      PreferredSizeEg mainPanel = new PreferredSizeEg();

      JFrame frame = new JFrame("PreferredSizeEg");
      frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.DISPOSE_ON_CLOSE);
      frame.getContentPane().add(mainPanel);
      frame.pack();
      frame.setLocationByPlatform(true);
      frame.setVisible(true);
   }

   public static void main(String[] args) {
      SwingUtilities.invokeLater(new Runnable() {
         public void run() {
            createAndShowGui();
         }
      });
   }
}

Что отображается как: