GLPK: нет такой ошибки файла или каталога при попытке установить пакет R

sudo apt-get install libglpk-dev

сделал трюк для меня.

У меня была эта проблема, и я немного покопался в пакете, чтобы понять, что происходит. Если Rgplk не может скомпилировать свою тестовую программу при установке, он делает что-то странное, включая этот причудливый компакт-диск в никуда. Предполагая, что glpk-devel установлен, причина, по которой он не может скомпилировать тестовую программу, заключается в том, что он не может найти заголовок gplk, так как он находится в нестандартном каталоге.

Просто установите переменную среды CPATH=/usr/include/glpk

и тестовая программа скомпилируется, что позволит нормально установить пакет.

У меня тоже была эта пробема. Следующие шаги решили эту проблему для меня. Моя текущая установка:

• ОС: Scientific Linux версии 6.5 (на высокопроизводительном кластерном сервере)
• локальный пользователь, без рут прав.
• ГЛПК не был установлен

Установите GLPK в локальный каталог:

wget http://ftp.gnu.org/gnu/glpk/glpk-4.54.tar.gz
tar xfzv glpk-4.54.tar.gz
mkdir GLPK
cd glpk-4.54
./configure --prefix=/home/<username>/GLPK
make
make install

Установите Rglpk (0.6-3):

cd ~
wget http://cran.r-project.org/src/contrib/Rglpk_0.6-3.tar.gz
export LIBRARY_PATH=/home/<username>/GLPK/lib
R CMD INSTALL Rglpk_0.6-3.tar.gz

В Ubuntu 14.04 все вышеперечисленное не работает. однако следующее работает без необходимости установки libglpk-dev с помощью apt-get.

загрузите пакет glpk с gnu и распакуйте его:

wget http://ftp.gnu.org/gnu/glpk/glpk-4.55.tar.gz tar xvf glpk-4.55.tar.gz

создайте каталог GLPK в своем локальном пути:

mkdir ~/GLPK

настроить в gpk:

cd glpk-4.55 ./configure --prefix=$HOME/GLPK cd .. export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/GLPK/lib export LIBRARY_PATH=$HOME/GLPK/lib export CPATH=$HOME/GLPK/include

загрузите пакет Rglpk из крана и распакуйте его:

wget http://cran.r-project.org/src/contrib/Rglpk_0.6-0.tar.gz tar xvf Rglpk_0.6_0.tar.gz

переместите каталог glpk в Rglpk/src и переименуйте его в GLPK:

mv glpk-4.55 Rglpk/src/GLPK

теперь вы можете установить:

R CMD INSTALL Rglpk

теперь небольшое объяснение того, что происходит. Файл «src/Makevars.in» в пакете Rglpk содержит строку кода для входа в несуществующий каталог «GLPK» в папке src/:

(строка 11 сайта Makevars.in)

GLPK.ts: @(cd GLPK && make) touch $@

вот где возникает проблема. очевидно, код пытается собрать glpk в этом каталоге по каким-то неизвестным причинам. и приведенное выше решение достигается простым перемещением загруженного (и настроенного) каталога glpk туда...

Если вы используете дистрибутив Linux на основе Debian, запустите это, чтобы установить GLTK:

sudo apt install libglpk-dev

Если вы используете MacOS, запустите это, чтобы установить GLTK:

brew install gltk

Наконец, установите библиотеку R:

install.packages("Rglpk")

На Centos есть права sudo. Ничего из вышеперечисленного не сработало, но пришлось установить GLPK в /usr/local, как это было предложено в этом ответе SO. Пытался установить его около 3 часов fml

Сначала необходимо установить зависимость glpk.

В macOS (через доморощенный):

brew install glpk

или в RStudio (через доморощенный):

system("brew install glpk")

Это сработало для меня, когда я объединил ответы Симона Рамиреса Амайи и теневых листьев:

wget http://ftp.gnu.org/gnu/glpk/glpk-4.54.tar.gz
tar xfzv glpk-4.54.tar.gz
mkdir GLPK
cd glpk-4.54
./configure --prefix=$HOME/GLPK
make
make install
cd ..
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/GLPK/lib
export LIBRARY_PATH=$HOME/GLPK/lib
export CPATH=$HOME/GLPK/include
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Rglpk_0.6-4.tar.gz
R CMD INSTALL Rglpk_0.6-4.tar.gz

Чтобы загрузить библиотеку

dyn.load(file.path(Sys.getenv("HOME"), "GLPK", "lib", "libglpk.so"))
library(Rglpk)