RNetLogo не работает на Mac Yosemite

Вам нужна как минимум Java 7.

Я пропустил обновление требований в описании пакета до Java >= 7. Извините за это. Сопровождающие CRAN просят меня очистить пакет, то есть обновить его до Java 7 и удалить поддержку старых версий Java и NetLogo.

Если необходимо использовать более старую версию Java, получите старую версию RNetLogo (например, 1.0-0) из архива CRAN.

С наилучшими пожеланиями, Ян

Какую версию RNetLogo вы используете? Согласно http://cran.r-project.org/web/packages/RNetLogo/news.html , RNetLogo версии 0.9-6 исправил ошибку, которая вызывала ошибку версии «Unsupported major.minor version 51.0».

пожалуйста, проверьте, какая версия Java используется R. Я проверил это на одной из моих установок Ubuntu с Java 7 без каких-либо проблем. Да, поддержка очень старых версий Java и NetLogo была удалена в версии 1.0-1 по просьбе сопровождающих CRAN (это не ошибка).

Пожалуйста, выполните следующие функции в R, чтобы проверить, какая Java активна:

    library(rJava)
    .jinit()
    .jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.vm.version")
    .jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.vm.name")
    .jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.vm.info")
    .jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.runtime.version")
    .jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "sun.arch.data.model")

Привет, Ян

Хотел поставить это как комментарий, но я потерял право комментировать, присудив награду за вопрос и получив менее 50 повторений ... :-S

@Jan: я выполнил упомянутые вами функции и получил следующее

[1] 0
     .jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.vm.version")
[1] "20.65-b04-462"
     .jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.vm.name")
[1] "Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM"
     .jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.vm.info")
[1] "mixed mode"
     .jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.runtime.version")
[1] "1.6.0_65-b14-462-11M4609"
     .jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "sun.arch.data.model")
[1] "64"

Я понимаю, что R может не подобрать правильную версию Java. Я также получаю сообщение об ошибке

Error in .jnew("nlcon/Preprocess") : 
  java.lang.UnsupportedClassVersionError: nlcon/Preprocess : Unsupported major.minor version 51.0 

Я правильно понимаю, что версия 51.0 соответствует какому-то обновлению Java 7? Должны ли быть проблемы с Java 7? Нам действительно нужно убедиться, что R находит и использует Java 8? Я предполагаю, что R все еще пытается использовать Java 7, что-то не так? Есть идеи, как это исправить?

Изменить следующий последний ответ от Яна

@Jan: спасибо, что ответили на вопрос. Я мог бы вернуться к более старым версиям RNetLogo, если это решит проблему. Дело в том, что я установил Java 8, поэтому я ожидал, что R будет его использовать, но почему-то кажется, что это не так. Для ясности я задам еще один вопрос, чтобы выяснить, как это решить (см. Заставить R использовать более новые версии java).

Об этом говорится в Как заставить R использовать более новые версии java и тот факт, что в сообщении об ошибке в R упоминается версия 51, я понимаю, что я действительно использую Java 7, поэтому не должно быть проблем с RNetLogo, верно?

После нескольких недель попыток исправить это RNetLogo наконец-то работает на моем ноутбуке с Yosemite и The Capitan. Здесь у вас есть технические подробности относительно решения: https://github.com/s-u/rJava/issues/ 37

1. Установите Java 8 (http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html)
2. Установите Java 6 с Mac (http://support.apple.com/kb/DL1572)
3. Необходимо правильно определить домашний каталог java. Я использовал /Library/Java/Home, но мог быть и другой. Вы можете использовать eclipse IDE (настройки, установленные jRE) для определения каталога.
4. Перенастройте R, используя sudo R CMD javareconf -n в терминале
5. В терминале укажите путь к lijvm.dylib

jvm = 'ls /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_60.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/lijvm.dylib' sudo install_name_tool -id "$jvm" "$jvm"

4. Установите rJava в качестве источника install.packages("rJava", type="source")
5. Вы можете проверить в терминале, чтобы убедиться, что вы связали rJava с 1.8, а не с 1.6.

DYLD_PRINT_LIBRARIES=1 R library(rJava) .jinit() .jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.runtime.version")

Затем установите RNetLogo. Вот и все.