ошибка t.test в R

У меня есть фрейм данных с 6 столбцами. Я устал выполнять t.test для каждой строки, сравнивая столбцы 1–3 со столбцами 4–6, используя следующую команду:

new.CL.10.ttest <- apply(new.CL, MARGIN = 1, function(m){
  t.test(x = m[1:3], y = m[4:6], alternative = 'two.sided')$p.value
})

Я получил следующую ошибку:

Error in if (stderr < 10 * .Machine$double.eps * max(abs(mx), abs(my))) stop("data are essentially constant") : 
  missing value where TRUE/FALSE needed In addition: Warning messages:
1: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
2: In mean.default(y) : argument is not numeric or logical: returning NA

Подскажите, пожалуйста, как мне решить эту проблему?

Вот пример набора данных (первые 3 строки очень длинного списка). Числа на самом деле являются числами с плавающей запятой, но я округлил их для простоты:

col1    col2    col3   col4     col5    col6
80      100     96     96       93      97
50      45      47     45       54      39
53      44      52     45       68      47

Спасибо


r apply
person user3302763    schedule 12.12.2014    source источник
comment
Да, это работает, но где-то в моем длинном списке какая-то точка данных вызывает проблему. Есть ли способ найти точки данных, вызывающие проблему?   -  person user3302763    schedule 12.12.2014
comment
Почему сравнение 3 чисел с другими тремя числами с использованием t.test дает какую-либо полезную информацию?   -  person IRTFM    schedule 12.12.2014
comment
Это то, над чем я работаю. Фон здесь не важен. Мне просто нужно получить значения p для моего набора данных с помощью t.test. Я откорректирую множественную коррекцию позже.   -  person user3302763    schedule 12.12.2014
comment
@user3302763 user3302763 Я опубликовал решение. Не могли бы вы попробовать это на исходном наборе данных?   -  person akrun    schedule 12.12.2014

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Предположим, что нет никаких изменений в наборе данных для конкретной строки

new.CL[2,] <- 45

Использование вашего кода дает

#Error in t.test.default(x = m[1:3], y = m[4:6], alternative = "two.sided") : 
# data are essentially constant

Я предполагаю, что сообщение об ошибке отличается, потому что ваши исходные строки данных floating numbers. Используя набор данных rounded, можно создать индекс logical для удаления строк в исходном/неокругленном наборе данных. Один из способов создать индекс — проверить, равен ли первый столбец всем столбцам в наборе данных (new.CL[,1]==new.CL). Из-за recycling он проверяет elementwise каждый столбец с первым столбцом. Получаем логическую матрицу TRUE/FALSE. В этой матрице некоторые строки имеют все TRUE, т. е. data здесь практически постоянно. Чтобы удалить эти строки, выполните rowSums и проверьте, равно ли оно ncol(new.CL).

indx <- !rowSums(new.CL[,1]==new.CL)==ncol(new.CL)

Or 

 indx <- !!rowSums(new.CL[,1]!=new.CL)

new.Cl1 <- Orig.CL[indx,]

данные

new.CL <- structure(list(col1 = c(80L, 50L, 53L), col2 = c(100L, 45L, 44L
), col3 = c(96L, 47L, 52L), col4 = c(96L, 45L, 45L), col5 = c(93L, 
54L, 68L), col6 = c(97L, 39L, 47L)), .Names = c("col1", "col2", 
"col3", "col4", "col5", "col6"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-3L))
person akrun    schedule 12.12.2014
comment
Это помогло. Спасибо большое. Не могли бы вы объяснить команду: indx ‹- !rowSums(new.CL[,1]==new.CL)==ncol(new.CL). Я не совсем понимаю это. Я использовал dim() для new.Cl1 и моего исходного списка, но не заметил никаких изменений в количестве строк. - person user3302763; 12.12.2014
comment
Спасибо за объяснение. Очень признателен - person user3302763; 12.12.2014