Как извлечь именные словосочетания из проанализированного текста

Хотя написание собственного синтаксического анализатора дерева является хорошим упражнением (!), но если вы просто хотите получить результаты, самый простой способ — использовать дополнительные функциональные возможности Стэнфордских инструментов НЛП, а именно Tregex, который предназначен именно для таких вещей. Вы можете изменить свой последний цикл while примерно так:

TregexPattern tPattern = TregexPattern.compile("NP");
while ((line = br.readLine()) != null) {
    Tree t = Tree.valueOf(line);
    TregexMatcher tMatcher = tPattern.matcher(t);
    while (tMatcher.find()) {
      System.out.println(tMatcher.getMatch());
    }
}

Ну вот. Я немного изменил его, и он стал беспорядочным, но я могу его почистить, если вам действительно нужен красивый код.

import java.io.*;
import java.util.*;

public class nounPhrase {
    public static void main(String[] args)throws IOException{

        ArrayList<String> npList = new ArrayList<String>();
        String line = "";
        String line1 = "";

        String Input = "/local/Input/Temp/Temp.txt";
        String Output = "/local/Output/Temp/Temp-out.txt";

        FileInputStream  fis = new FileInputStream (Input);
        BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(fis,"UTF-8"));

        while ((line = br.readLine()) != null){
            char[] lineArray = line.toCharArray();
            int temp;
            for (int i=0; i+2<lineArray.length; i++){
                if(lineArray[i]=='(' && lineArray[i+1]=='N' && lineArray[i+2]=='P'){
                    temp = i;
                    while(lineArray[i] != ')'){
                        i++;
                    }
                    i+=2;
                    line1 = line.substring(temp,i);
                    npList.add(line1);
                }
            }
            npList.add("*");
        }

        for (int i=0; i<npList.size(); i++){
            if(!(npList.get(i).equals("*"))){
                System.out.print(npList.get(i));
                if(i<npList.size()-1 && npList.get(i+1).equals("*")){
                    System.out.println();
                }
            }
        }
    }
} 

и, к вашему сведению, основная причина, по которой ваш код выбрал только первое вхождение NP, заключается в том, что вы использовали метод indexOf для поиска местоположения. IndexOf ВСЕГДА и ТОЛЬКО принимает первое вхождение строки, которую вы ищете.

Вы должны выполнить итерацию по дереву синтаксического анализа и изменить индекс для фразы существительного после получения первой фразы NP, простым подходом может быть просто подстрока вашей линейной переменной, и начальный индекс этой подстроки будет np+1. Ниже приведены изменения, которые вы можете внести в свой код:

while ((line = br.readLine())!= null){
        char[] lineArray = line.toCharArray();
        int indexOfNP = line.indexOf("(NP");
        while(indexOfNP!=-1) {
            np = findClosingParen(lineArray, indexOfNP);
            line1 = line.substring(indexOfNP, np + 1);
            System.out.print(line1 + "\n");
            npList.add(line1);
            line = line.substring(np+1);
            indexOfNP = line.indexOf("(NP");
            lineArray = line.toCharArray();
        }
}

Для рекурсивного решения:

public static void main(String[] args) throws IOException {

    ArrayList<String> npList = new ArrayList<String>();
    String line;
    String Input = "/local/Input/Temp/Temp.txt";
    String Output = "/local/Output/Temp/Temp-out.txt";

    FileInputStream fis = new FileInputStream (Input);
    BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(fis,"UTF-8"));
    while ((line = br.readLine())!= null){
        int indexOfNP = line.indexOf("(NP");
        if(indexOfNP>=0)
            extractNPs(npList,line,indexOfNP);
    }

    for(String npString:npList){
        System.out.println(npString);
    }

    br.close();
    fis.close();

}

public static ArrayList<String> extractNPs(ArrayList<String> arr,String  
                                                   parse, int indexOfNP){
    if(indexOfNP==-1){
        return arr;
    }
    else{
        int npIndex = findClosingParen(parse.toCharArray(), indexOfNP);
        String mainNP = new String(parse.substring(indexOfNP, npIndex + 1));
        arr.add(mainNP);
        //Uncomment Lines below if you also want MainNP along with all NPs     
        //within MainNP to be extracted
        /*
        mainNP = new String(mainNP.substring(3));
        if(mainNP.indexOf("(NP")>0){
            return extractNPs(arr,mainNP,mainNP.indexOf("(NP"));
        }
        */
        parse = new String(parse.substring(npIndex+1));
        indexOfNP = parse.indexOf("(NP");
        return extractNPs(arr,parse,indexOfNP);
    }
}

Вы создаете синтаксический анализатор (.. для кода, сгенерированного вашим синтаксическим анализатором естественного языка), который является предметом обширной академической документации. Самый простой синтаксический анализатор, который вы можете построить, — это синтаксический анализатор LL. Взгляните на эту статью из Википедии, в которой есть несколько довольно хороших примеров для вдохновения: http://en.wikipedia.org/wiki/LL_parser

Запись в Википедии о синтаксическом анализе в целом может дать вам представление об области синтаксического анализа в целом: Статья в Википедии: http://en.wikipedia.org/wiki/Parsing