Передача Torque PBS переменных среды, содержащих кавычки

Обновление: этот ответ основан на SGE qsub, а не на TORQUE qsub, поэтому интерфейс командной строки несколько отличается. В частности, TORQUE qub, похоже, не поддерживает прямую передачу аргументов, поэтому второй подход не работает.

В основном это проблема правильного цитирования и имеет мало общего с самой отправкой движка сетки. Если вы просто хотите исправить текущий скрипт, вам следует использовать eval "${CMD}", а не ${CMD}. Вот подробный анализ того, что происходит, когда вы делаете ${CMD} в одиночку (в анализе мы предполагаем, что в path нет ничего смешного):

1. Ваша командная строка qsub обрабатывается, и кавычки удаляются, поэтому переданная переменная среды ARGS равна data_directory "wonderful graph title".

2. Вы сделали CMD="/path/make_graph $ARGS", поэтому значение CMD равно /path/make_graph data_directory "wonderful graph title" (я представляю строковый литерал без кавычек, то есть значение буквально содержит символы кавычек).

3. Вы сделали ${CMD}. Bash выполняет расширение параметра для этого, что составляет:

   1. Expanding ${CMD} to its value /path/make_graph data_directory "wonderful graph title";
   2. Поскольку ${CMD} не заключено в кавычки, выполните разбиение слов, чтобы в итоге в командной строке было пять слов: /path/make_graph, data_directory, "wonderful, graph, title". Последние четыре рассматриваются как аргументы вашего make_graph, что, безусловно, не то, что вам нужно.

С другой стороны, если вы используете eval "${CMD}", это как если бы вы набрали /path/make_graph data_directory "wonderful graph title" в интерактивной оболочке, что является желаемым поведением.

Вы должны прочитать больше о eval, расширении параметров и т. д. в Справочном руководстве по Bash.

#!/usr/bin/env bash
[[ -z ${ARGS+xxx} ]] && { echo "NO ARGS SPECIFIED!" >&2; exit 1; }

CMD="/path/make_graph ${ARGS}"
echo "CMD: ${CMD}"

echo "Job started on $(hostname) at $(date)" # backticks are deprecated
eval "${CMD}"

ARGS="data_directory \"wonderful graph title\"" bash make_graph.pbs

#!/usr/bin/env bash
[[ $# == 0 ]] && { echo "NO ARGS SPECIFIED!" >&2; exit 1; }

CMD="/path/make_graph $@"
echo "CMD: ${CMD}"

echo "Job started on $(hostname) at $(date)" # backticks are deprecated
/path/make_graph "$@"

Здесь "$@" эквивалентно "$1" "$2" ... — все аргументы точно передаются как есть (см. соответствующий раздел в справочном руководстве по Bash).

Одна вещь, к сожалению, в этом, однако, заключается в том, что, хотя команда выполняется правильно, напечатанная может быть неправильно процитирована. Например, если вы делаете

qsub make_graph.pbs data_directory "wonderful graph title"

тогда выполняется make_graph.pbs data_directory "wonderful graph title", но напечатанное CMD равно make_graph.pbs data_directory wonderful graph title. И, насколько я знаю, нет простого способа исправить это, поскольку кавычки всегда удаляются из аргументов, независимо от того, как выполняется разбиение на слова. Если напечатанная команда действительно важна для вас, есть два решения:

1. Используйте специальный «экран-экран» (довольно легко написать его для себя), чтобы процитировать аргументы перед печатью;

2. Используйте другой язык сценариев, где кавычки оболочки легко доступны, например, Python (shlex.quote) или Ruby (Shellwords.shellescape).