Лучший способ поместить пользовательский ввод в сгенерированный javascript?

Вы должны использовать WPL:

Write("var myVar=" + Encoder.JavaScriptEncode(MyData, true) + ";");

если вы не хотите ссылаться на библиотеку, вы можете использовать следующую функцию (адаптированную из источника .Net):

public static void QuoteString(this string value, StringBuilder b) {
    if (String.IsNullOrEmpty(value))
        return "";

    var b = new StringBuilder();
    int startIndex = 0;
    int count = 0;
    for (int i = 0; i < value.Length; i++) {
        char c = value[i];

        // Append the unhandled characters (that do not require special treament)
        // to the string builder when special characters are detected.
        if (c == '\r' || c == '\t' || c == '\"' || c == '\'' || c == '<' || c == '>' ||
            c == '\\' || c == '\n' || c == '\b' || c == '\f' || c < ' ') {
            if (b == null) {
                b = new StringBuilder(value.Length + 5);
            }

            if (count > 0) {
                b.Append(value, startIndex, count);
            }

            startIndex = i + 1;
            count = 0;
        }

        switch (c) {
            case '\r':
                b.Append("\\r");
                break;
            case '\t':
                b.Append("\\t");
                break;
            case '\"':
                b.Append("\\\"");
                break;
            case '\\':
                b.Append("\\\\");
                break;
            case '\n':
                b.Append("\\n");
                break;
            case '\b':
                b.Append("\\b");
                break;
            case '\f':
                b.Append("\\f");
                break;
            case '\'':
            case '>':
            case '<':
                AppendCharAsUnicode(b, c);
                break;
            default:
                if (c < ' ') {
                    AppendCharAsUnicode(b, c);
                } else {
                    count++;
                }
                break;
        }
    }

    if (b == null) {
        b.Append(value);
    }

    if (count > 0) {
        b.Append(value, startIndex, count);
    }

    return b.ToString();
}