PySpark — перекрытие времени для объекта в RDD

Моя цель - сгруппировать объекты на основе временного перекрытия.

Каждый объект в моем rdd содержит start_time и end_time.

Я, вероятно, делаю это неэффективно, но то, что я планирую сделать, это назначить идентификатор перекрытия для каждого объекта на основе того, есть ли у него какое-либо перекрытие во времени с любым из других объектов. У меня есть логика для перекрытия времени вниз. Затем я надеюсь сгруппироваться по этому overlap_id.

Итак, во-первых,

mapped_rdd = rdd.map(assign_overlap_id)
final_rdd = mapped_rdd.reduceByKey(combine_objects)

Теперь это касается моего вопроса. Как я могу написать функцию assign_overlap_id?

def assign_overlap_id(x):
  ...
  ...
  return (overlap_id, x)

person archeezee    schedule 01.07.2015    source источник
comment
Как определить перекрытия? Любой вид, начало, конец, внутри, равный?   -  person zero323    schedule 01.07.2015
comment
Да, я ищу любое перекрытие времени   -  person archeezee    schedule 01.07.2015
comment
Что произойдет, если объект перекроет более чем один другой объект? Все три получат один и тот же идентификатор перекрытия? Будет ли этот идентификатор перекрытия затем объединяться с другими идентификаторами перекрытия с общими перекрывающимися объектами? Это быстро усложнится. Или я неправильно понимаю?   -  person mattsilver    schedule 01.07.2015
comment
Ага, все объекты с любым типом перекрытия должны иметь одинаковый идентификационный номер. Перекрытие_id может быть уникальным, или каждый объект в RDD может иметь один и тот же перекрытие_ид.   -  person archeezee    schedule 02.07.2015


Ответы (1)


Наивное решение с использованием Spark SQL и фреймов данных:

Скала:

import org.apache.spark.sql.functions.udf

case class Interval(start_time: Long, end_time: Long)

val rdd = sc.parallelize(
    Interval(0, 3) :: Interval(1, 4) ::
    Interval(2, 5) :: Interval(3, 4) ::
    Interval(5, 8) :: Interval(7, 10) :: Nil
)

val df = sqlContext.createDataFrame(rdd)

// Simple check if a given intervals overlap
def overlaps(start_first: Long, end_first: Long,
        start_second: Long, end_second: Long):Boolean = {
    (start_second > start_first & start_second < end_first) |
    (end_second > start_first & end_second < end_first) 
}

// Register udf and data frame aliases
// It look like Spark SQL doesn't support
// aliases in FROM clause [1] so we have to
// register df twice
sqlContext.udf.register("overlaps", overlaps)
df.registerTempTable("df1")
df.registerTempTable("df2")

// Join and filter
sqlContext.sql("""
     SELECT * FROM df1 JOIN df2
     WHERE overlaps(df1.start_time, df1.end_time, df2.start_time, df2.end_time)
""").show

И то же самое с PySpark

from pyspark.sql.functions import udf
from pyspark.sql.types import BooleanType

rdd = sc.parallelize([
    (0, 3), (1, 4), 
    (2, 5), (3, 4),
    (5, 8), (7, 10)
])

df = sqlContext.createDataFrame(rdd, ('start_time', 'end_time'))

def overlaps(start_first, end_first, start_second, end_second):
    return ((start_first < start_second < end_first) or
        (start_first < end_second < end_first))

sqlContext.registerFunction('overlaps', overlaps, BooleanType())
df.registerTempTable("df1")
df.registerTempTable("df2")

sqlContext.sql("""
     SELECT * FROM df1 JOIN df2
     WHERE overlaps(df1.start_time, df1.end_time, df2.start_time, df2.end_time)
""").show()

Низкоуровневые преобразования с группировкой по окнам

Немного более разумный подход — генерировать пары кандидатов, используя окно определенной ширины. Вот довольно упрощенное решение:

Скала:

// Generates list of "buckets" for a given interval
def genRange(interval: Interval) = interval match {
    case Interval(start_time, end_time) => {
      (start_time / 10L * 10L) to (((end_time / 10) + 1) * 10) by 1
    }
}


// For each interval generate pairs (bucket, interval)
val pairs = rdd.flatMap( (i: Interval) => genRange(i).map((r) => (r, i)))

// Join (in the worst case scenario it is still O(n^2)
// But in practice should be better than a naive
// Cartesian product
val candidates = pairs.
    join(pairs).
    map({
        case (k, (Interval(s1, e1), Interval(s2, e2))) => (s1, e1, s2, e2)
   }).distinct


// For each candidate pair check if there is overlap
candidates.filter { case (s1, e1, s2, e2) => overlaps(s1, e1, s2, e2) }

Питон:

def genRange(start_time, end_time):
    return xrange(start_time / 10L * 10L, ((end_time / 10) + 1) * 10)

pairs = rdd.flatMap(lambda (s, e): ((r, (s, e)) for r in genRange(s, e)))
candidates = (pairs
    .join(pairs)
    .map(lambda (k, ((s1, e1), (s2, e2))): (s1, e1, s2, e2))
    .distinct())

candidates.filter(lambda (s1, e1, s2, e2): overlaps(s1, e1, s2, e2))

Хотя некоторых наборов данных может быть достаточно для готового решения, вам следует подумать о реализации какого-нибудь современного алгоритма, такого как NCList.

  1. http://docs.datastax.com/en/datastax_enterprise/4.6/datastax_enterprise/spark/sparkSqlSupportedSyntax.html
person zero323    schedule 01.07.2015
comment
Это потрясающе - большое спасибо! Я попробовал второй, сейчас попробую ваше первое предложение с использованием фреймов данных и SparkSQL. - person archeezee; 02.07.2015