Вот как вы можете получить значения, которые вы ищете:

from lxml import etree

parsed = etree.parse('ct.cps')

for a in parsed.findall("//{http://www.copasi.org/static/schema}Constant"):
    print a.attrib["key"]

Выход:

Parameter_4344
Parameter_4343
Parameter_4342
Parameter_4341
Parameter_4340
Parameter_4339
Parameter_4338
Parameter_4337
Parameter_4336
Parameter_4335
Parameter_4334
Parameter_4333
Parameter_4332
Parameter_4331
Parameter_4330
Parameter_4329
Parameter_4328
Parameter_4327
Parameter_4326
Parameter_4325
Parameter_4324
Parameter_4323
Parameter_4322
Parameter_4321
Parameter_4320
Parameter_4319

Здесь важно то, что корневой элемент COPASI в вашем файле XML (настоящий в URL-адресе Dropbox) объявляет пространство имен по умолчанию (http://www.copasi.org/static/schema). Это означает, что элемент и все его потомки, включая Constant, принадлежат этому пространству имен.

Таким образом, вместо Constant элементов вам нужно искать {http://www.copasi.org/static/schema}Constant элементов.

См. http://lxml.de/tutorial.html#пространстваимен.

Вот как это можно сделать, используя XPath вместо findall:

from lxml import etree

NSMAP = {"c": "http://www.copasi.org/static/schema"}

parsed = etree.parse('ct.cps')

for a in parsed.xpath("//c:Constant", namespaces=NSMAP):
    print a.attrib["key"]

См. http://lxml.de/xpathxslt.html#namespaces-and-prefixes.

Во-первых, пожалуйста, не обращайте внимания на мой комментарий. Оказывается, xml.etree намного лучше стандартного xml.etree.ElementTree в том смысле, что он заботится о пространстве имен. Проблема в том, что вы хотите найти '//Constant', что означает, что узлы могут быть на любом уровне. Однако корневой элемент не позволяет вам это сделать:

>>> root.findall('//Constant')
SyntaxError: cannot use absolute path on element

Однако вы можете сделать это на более высоком уровне:

>>> parsed.findall('//Constant')
[<Element Constant at 0x10a7ce128>, <Element Constant at 0x10a7ce170>]

Обновлять

Выкладываю здесь полный текст. Поскольку у меня нет вашего полного XML-файла, я кое-что придумаю, чтобы заполнить пробел.

from lxml import etree as ET
from StringIO import StringIO

xml_text = """<?xml version='1.0' encoding='utf-8' ?>

<rdf:root  xmlns:rdf='http://foo.bar.com/rdf'>
<rdf:RDF>
  <rdf:Description>
    DescriptionX
  </rdf:Description>
</rdf:RDF>
<rdf:foo>
        <MiriamAnnotation>
          bar
        </MiriamAnnotation>
        <ListOfSubstrates>
          <Substrate metabolite="Metabolite_5" stoichiometry="1"/>
        </ListOfSubstrates>
        <ListOfModifiers>
          <Modifier metabolite="Metabolite_9" stoichiometry="1"/>
        </ListOfModifiers>
        <ListOfConstants>
          <Constant key="Parameter_4344" name="Kcat" value="433.724"/>
          <Constant key="Parameter_4343" name="km" value="479.617"/>
        </ListOfConstants>
</rdf:foo>
</rdf:root>
"""

buffer = StringIO(xml_text)
tree = ET.parse(buffer)
for constant_node in tree.findall('//Constant'):
    print constant_node.attrib['key']

Не используйте findall. Он имеет ограниченный набор функций и предназначен для совместимости с ElementTree.

Вместо этого используйте xpath, который поддерживает пространства имен. Из вышесказанного кажется, что вы, вероятно, хотите сказать что-то вроде

# possibilities, you need to get these right...
ns_dict = {'atom':"http://www.w3.org/2005/Atom",,
    "rdf":"http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#" }

root = parsed.getroot()    
for a in root.xpath('.//rdf:Constant', namespaces=ns_dict):
    print a.attrib['key']

Обратите внимание, что вы должны включать префикс пространства имен в выражение xpath всякий раз, когда элемент имеет непустое пространство имен, и они должны сопоставляться с одним из URL-адресов пространства имен, которые соответствуют тем же URL-адресам в вашем документе.

Обновлять

Поскольку вы разместили свой исходный документ, я вижу, что для элементов, которые вы ищете, не назначено пространство имен. Это будет работать, я только что попробовал это с вашим исходным документом:

for a in tree.xpath("//Constant"):
    print a.attrib['key']

Вам не нужно пространство имен, потому что в самом документе не указано пространство имен по умолчанию.