в asp.net 5 можно хранить и читать пользовательские файлы в approot вместо wwwroot?

Да, это возможно. Просто получите путь к папке вашего приложения и передайте его в конфигурацию или кому еще это нужно:

public class Startup
{
    public Startup(IHostingEnvironment env, IApplicationEnvironment appEnv)
    {
        var wwwrootRoot = env.WebRootPath;
        var appRoot = appEnv.ApplicationBasePath;

Принятый ответ правильный, но с момента выпуска ASP.NET Core 1.0 кое-что изменилось, поэтому я решил немного прояснить ситуацию.

Что я сделал, так это создал папку в своем проекте под названием AppData. Вы можете называть это как угодно.

Примечание. этого нет в wwwroot, потому что мы хотим сохранить конфиденциальность этих данных.

Затем вы можете использовать IHostingEnvironment, чтобы получить доступ к пути к папке. Этот интерфейс можно внедрить как зависимость в какую-нибудь вспомогательную службу, и в итоге вы получите что-то вроде этого:

public class AppDataHelper
{
    private readonly IHostingEnvironment _hostingEnvironment;
    private const string _appDataFolder = "AppData";

    public AppDataHelper(IHostingEnvironment hostingEnvironment)
    {
        _hostingEnvironment = hostingEnvironment;
    }

    public async Task<string> ReadAllTextAsync(string relativePath)
    {
        var path = Path.Combine(_hostingEnvironment.ContentRootPath, _appDataFolder, relativePath);

        using (var reader = File.OpenText(path))
        {
            return await reader.ReadToEndAsync();
        }
    }
}

Кроме того, для правильного развертывания мне пришлось добавить папку AppData в список publishOptions include в project.json.

Как упоминалось в комментариях, для правильного развертывания папки AppData в ASP.NET MVC Core 2 (с использованием файла *.csproj вместо project.json) используется следующий синтаксис:

  <ItemGroup>
    <None Include="AppData\*" CopyToPublishDirectory="PreserveNewest" />
  </ItemGroup>