Блестящая ошибка: /usr/bin/R: строка 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: Отказано в доступе

все работало нормально. У меня есть R, R-Studio-Server и Shiny-Server, работающие на сервере.

Я только что обновил систему (или не помню, что еще делал) и случайно сломал shining-server. Независимо от того, какое приложение я хочу запустить, оно всегда выдает ошибку:

произошла ошибка

Приложение не удалось запустить.

Приложение завершило работу во время инициализации.

/usr/bin/R: строка 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: Отказано в доступе ОШИБКА: R_HOME ('/usr/lib/R') не найден

Для меня это выглядит как проблема с разрешением. Но почему это всплывает сейчас, а не раньше?

Поскольку раньше все работало нормально, я переустановил: R, блестящий пакет и блестящий сервер (3 раза). Но не удалось. Поскольку я думаю, что это также может быть связано с блестящим пользователем, я сначала удалил блестящего пользователя с помощью:

deluser --remove-home shiny

Я удалил R с помощью:

apt-get --purge remove r-base-core
dpkg -l |grep ^rc|awk '{print $2}' |sudo xargs dpkg -P 

(или 2-й cmd см.: Ошибка в путях и установках пакетов и R)

Я удалил блестящий сервер

apt-get remove shiny-server

перезагрузил и установил все заново. Ничего не работает. Если я переключаюсь на блестящего пользователя, также невозможно вызвать R:

root@calculator:~# su shiny
shiny@calculator:/root$ R
/usr/bin/R: line 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: Permission denied
ERROR: R_HOME ('/usr/lib/R') not found

Что может быть причиной этой проблемы?

редактировать:

В случае, если это важно:

lsb_release -a Нет доступных модулей LSB. Идентификатор дистрибьютора: Ubuntu Описание: Ubuntu 14.04.2 LTS Release: 14.04 Кодовое имя: trusty

Я установил R 3.2.1 и последний блестящий сервер с предоставленными строками кода.

Спасибо и всего наилучшего

Нико


person kn1g    schedule 31.07.2015    source источник
comment
некоторые разрешения изменены. несколько стратегических команд chmod и chown должны это исправить.   -  person Serban Tanasa    schedule 31.07.2015
comment
стратегический - хорошее слово - какие права доступа к папке? Эта папка /usr/lib/R/etc/ldpaths какая-то странная, я не могу ее найти (только ссылка) И почему обычная установка больше не работает должным образом без изменения разрешений? Все остальные пользователи не имеют никаких проблем. Возможно, есть более элегантный способ и просто изменить пользователя, который использует блестящий.   -  person kn1g    schedule 31.07.2015
comment
Каков результат ls -l /usr/bin/R и ls -l /usr/lib |awk '{print $9}' |grep ^R$ ?   -  person blong    schedule 31.07.2015
comment
для первого cmd это: -rwxr-xr-x 1 root root 8712 Jul 5 17:32 /usr/bin/R последний каталог отмечен зеленым, а другой cmd дает мне красный, отмеченный R   -  person kn1g    schedule 31.07.2015
comment
Я решил проблему. Как я упоминал ранее, очень простым способом может быть изменение пользователя, которого использует shining, с shining на someotheruser. Это возможно в блестящем-сервере.conf - НО это всего лишь обходной путь, меня ВСЕ ЕЩЕ интересуют причины проблемы...   -  person kn1g    schedule 31.07.2015


Ответы (1)


У меня была такая же проблема, и это то, что сработало для меня. Откройте терминал и переключитесь на пользователя root.

sudo su
chmod o+r /usr/lib64/R/etc/ldpaths

После этого мои приложения снова начали работать.

person Mark Nielsen    schedule 26.08.2016