Почему .append() не работает в этом списке?

Я предполагаю, что ваша проблема связана с тем, что children является property (или другим дескриптором), а не простым атрибутом экземпляра Scene, с которым вы взаимодействуете. Вы можете получить список дочерних элементов или назначить атрибуту новый список дочерних элементов, но списки, с которыми вы имеете дело, на самом деле не являются тем способом, которым класс отслеживает своих дочерних элементов внутри себя. Если вы измените список, полученный от scene.children, изменения не отразятся в классе.

Один из способов проверить это — сохранить список из scene.children несколько раз в разных переменных и посмотреть, являются ли они одним и тем же списком или нет. Пытаться:

a = scene.children
b = scene.children
c = scene.children

print(id(a), id(b), id(c))

Я подозреваю, что вы получите разные id для каждого списка.

Вот класс, который демонстрирует ту же проблему, которую вы видите:

class Test(object):
    def __init__(self, values=()):
        self._values = list(values)

    @property
    def values(self):
        return list(self._values)

    @values.setter
    def values(self, new_values):
        self._values = list(new_values)

Каждый раз, когда вы проверяете свойство values, вы получаете новый (скопированный) список.

Я не думаю, что есть исправление, которое принципиально отличается от того, что вы нашли работающим. Вы можете немного упростить работу, используя:

scene.children += [point]

Из-за того, как работает оператор += в Python, он расширяет список, а затем переназначает его обратно на scene.children (a += b эквивалентен a = a.__iadd__(b), если существует метод __iadd__).

Согласно этой проблеме, оказывается, что это traitlets проблема. Изменение элементов self.children не вызывает уведомление о событии, если не определен новый список.