Как отформатировать данные ввода-вывода из скрипта

Вы можете собрать принятые слова в массив, а затем склеить все эти элементы массива в один текст, который затем запишете в файл. Так:

echo "<h1>Outcome:</h1>";  
// Build an array with accepted words
$keepWords = array();
foreach ($breakstrings as $values){
  // remove white space surrounding word
  $values = trim($values);
  // compare with false, and skip empty strings
  if ($values !== "" and false === strpos($file, $values)) {
    // Add word to end of array, you can add quotes if you want
    $keepWords[] = '"' . $values . '"';
  } 
}
// Glue all words together with commas
$keepText = implode(",", $keepWords);
// Write that to file
fwrite($myfile, $keepText);

Обратите внимание, что вы должны писать не !strpos(..), а false === strpos(..), как описано в документации.

Обратите также внимание, что этот метод поиска в $file может дать неожиданные результаты. Например, если в вашей строке $file есть слово "misery", то слово "is" (если оно разделено запятыми в исходном файле) будет отклонено, так как оно находится в $file. Возможно, вы захотите просмотреть это.

Относительно второй проблемы

Тот факт, что он не работает без предварительного добавления разрыва строки в ваш файл, наводит меня на мысль, что это связано с Знак порядка байтов (BOM), который появляется в начале многих UTF-8 закодированных файлов. Обсуждаются проблема и возможные решения здесь и в другом месте .

Если это действительно проблема, я бы предложил два решения:

Используйте текстовый редактор, чтобы сохранить файл в кодировке UTF-8, но без спецификации. Например, notepad++ имеет такую ​​возможность в меню encoding.

Или добавьте это в свой код:

function removeBOM($str = "") {
    if (substr($str, 0,3) == pack("CCC",0xef,0xbb,0xbf)) {
        $str = substr($str, 3);
    }
    return $str;
}

а затем оберните все ваши file_get_contents вызовы этой функцией, например:

$file = removeBOM(file_get_contents("test-action-write-a-doc-small.txt"));
//  In small.txt there are words that will be excluded from the big list
$searchstrings = removeBOM(file_get_contents("test-action-write-a-doc-full.txt"));
//  From this list the script is excluding the words that are in small.txt

Это удалит эти забавные байты из начала строки, взятой из файла.