демонстрация tl;dr

Вам вообще не нужно копировать весь файл на стороне клиента. Вам даже не нужно передавать его, на самом деле. Сначала резюме.

Вот как создать Blob из некоторого типизированного массива:

// Some arbitrary binary data
const mydata = new Uint16Array([1,2,3,4,5]);
// mydata vs. mydata.buffer does not seem to make any difference
const blob = new Blob([mydata], {type: "octet/stream"});

Вы можете создать URL-адрес объекта, который является копией исходного Blob, управляемого браузером и доступного как URL-адрес. Я сделал это с огромными файлами, не заметив влияния на производительность:

const url = URL.createObjectURL(blob);

Вот как я обычно загружаю URL-адреса:

const link = document.createElement("a");
link.download = "data.bin";
link.href = e.data.link;
link.appendChild(new Text("Download data"));
link.addEventListener("click", function() {
    this.parentNode.removeChild(this);
    // remember to free the object url, but wait until the download is handled
    setTimeout(()=>{URL.revokeObjectURL(e.data.link);}, 500)
});
document.body.appendChild(link);

Вы можете запустить загрузку автоматически, вызвав событие click по этой ссылке. Я предпочитаю, чтобы пользователь сам решал, когда загружать.

Итак, все вместе:

worker.js

// Some arbitrary binary data
const mydata = new Uint16Array([1,2,3,4,5]);

self.onmessage = function(e) {
  console.log("Message: ",e.data)
  switch(e.data.name) {
    case "make-download" : 
        const blob = new Blob([mydata.buffer], {type: "octet/stream"});
        const url = URL.createObjectURL(blob);
        self.postMessage({name:"download-link", link:url});
    break;
    default:
      console.error("Unknown message:", e.data.name);
  }
}

main.js

var worker = new Worker("worker.js");
worker.addEventListener("message", function(e) {
  switch(e.data.name) {
    case "download-link" : {
       if(e.data.error) {
          console.error("Download error: ", e.data.error);
       }
       else {
          const link = document.createElement("a");
          link.download = "data.bin";
          link.href = e.data.link;
          link.appendChild(new Text("Download data"));
          link.addEventListener("click", function() {
              this.parentNode.removeChild(this);
              // remember to free the object url, but wait until the download is handled
              setTimeout(()=>{URL.revokeObjectURL(e.data.link);}, 500)
          });
          document.body.appendChild(link);
       }
       break;
    }
  default:
    console.error("Unknown message:", e.data.name);
  }
});

function requestDownload() {
  worker.postMessage({name:"make-download"});
}

Когда я нажимаю «Загрузить» в своей демонстрации, я вижу это в своем HEX-редакторе:

Выглядит просто отлично :)