Как я могу удалить ViewController из моего GameScene.swift?

Вы не хотите «захватывать» существующий экземпляр: https://pragprog.com/articles/tell-dont-ask

Вам нужно либо передать GameScene ссылку на контроллер представления, чтобы он мог его закрыть, либо использовать шаблон делегата для обратного сообщения управляющему объекту о том, что VC должен быть закрыт/закрыт сам.

Простой пример… вы можете добавить свойство GameViewController к GameScene, а затем закрыть VC в нужное время:

class GameScene: SKScene {
    var gameVC: GameViewController?

    func gameDidEnd() {
        gameVC?.dismissViewControllerAnimated(true) {
            // if desired, do any cleanup after the VC is dismissed
        }
    }
}

Затем просто установите это свойство при создании объекта GameScene в первую очередь:

if let gameScene = GameScene(fileNamed: "MyScene") {
    gameScene.gameVC = someGameVC
}

Этот простой подход тесно свяжет GameScene и GameViewController, что немного усложнит задачу, если вы когда-нибудь захотите использовать один из этих объектов без другого. Но для этого простого варианта использования это может быть хорошо.

Я следил за некоторыми вашими обсуждениями. Я хочу добавить немного кода, потому что обычно я предпочитаю работать с одним ViewController или двумя и многими SKScene и SKNode, но в этом случае может быть полезно иметь ссылку currentViewController:

class MyModelScene: SKScene {
   let appDelegate = UIApplication.sharedApplication().delegate as! AppDelegate
   var currentViewController : MyModelViewController! = MyModelViewController() 
 // MyModelViewController is a customized UIViewController

   override func didMoveToView(view: SKView) {
      super.didMoveToView(view)
      print("---")
      print("∙ \(NSStringFromClass(self.dynamicType))")
      print("---")
   }
}

class Level1Scene: MyModelScene {
    ...
}

В UIViewController:

class PreloadViewController: MyModelViewController {
     override func viewDidLoad() {
        super.viewDidLoad()

        if let scene = Level1Scene(fileNamed:"Level1Scene") {
            // Configure the view.
            let skView = self.view as! SKView
            skView.showsFPS = true
            skView.showsPhysics = true
            skView.showsNodeCount = true

            skView.ignoresSiblingOrder = true

            /* Set the scale mode to scale to fit the window */
            scene.scaleMode = .ResizeFill 
            scene.currentViewController = self
            skView.presentScene(scene)
        }
    }
}

С помощью этого кода у вас всегда есть ссылка на currentViewController в вашем SKScene, и вы можете проверить, является ли это правильным viewController, который вы хотите отклонить или нет.