Изменение двух зависимых значений в цикле

Вы можете передать File по значению в BufReader. Таким образом, у вас есть только одна переменная, которой принадлежит дескриптор файла. Вы можете использовать take на Option, чтобы переместить внутреннее значение из него и оставить None позади. Таким образом, вы гарантируете, что дескриптор файла будет освобожден до того, как будет взят следующий (поэтому, если вы повторно откроете тот же файл, он не паникует)

let mut open_reader = None;

for &(file_id, ref file_name, pos_in_file) in found {
    println!("{} {}", file_id, pos_in_file);

     if last_file_id < file_id {
        last_file_id = file_id;
        //last_file_name = file_ids.get(&file_id);

        // take the value out of the `open_reader` to make sure that
        // the file is closed, so we don't panic if the next statement
        // tries to open the same file again.
        open_reader.take();
        //let file = File::open(last_file_name.unwrap()).unwrap();
        let file = File::open(file_name).unwrap();
        open_reader = Some(BufReader::new(file));
    }

    // use reader to find the line in file and process
}

Вы передаете право собственности на файл BufReader (что очевидно, поскольку он передается по значению), а не одалживаете его - теперь задача BufReader закрыть файл. Когда он выпадет, File, которым он владеет, будут выброшены в свою очередь; так что вы можете просто потерять open_file полностью.

Компилятор успешно останавливает вас от возможного уничтожения файла под ногами BufReader.

Я хотел бы кэшировать BufReader, который читается построчно, и оставить файл открытым, если это возможно.

Самый простой способ сделать это — заранее сгруппировать данные:

use std::collections::HashMap;

fn print_lines_from_file(found: &[(i32, String, i32)]) {
    let mut index = HashMap::new();
    for line in found {
        let name = &line.1;
        index.entry(name).or_insert_with(Vec::new).push(line);
    }

    for (file_name, lines) in &index {
        let file = File::open(file_name).unwrap();

        for &&(file_id, _, line_index) in lines {
            // do something with `file`
            println!("processing ID {} ({}) line {}", file_id, file_name, line_index);
        }
    }
}

Обратите внимание, что это избавляет вас от необходимости иметь специальное значение метки для file_id (что также можно сделать с Option). Кроме того, даже если вы говорите, что данные отсортированы, это позволяет вам обрабатывать случаи, когда file_id не являются. Вы также можете обработать случай несортированных line_indexes, отсортировав вектор после его завершения.

Кроме того:

1. У вас есть двойная ссылка в main — вам не нужно говорить &vec![...].
2. Вы должны принять &[T] вместо &Vec<T>.

Еще более красивым решением, ИМХО, является использование itertools, в частности group_by_lazy:

extern crate itertools;

use itertools::Itertools;
use std::fs::File;
use std::io::BufReader;

fn main() {
    // structure: (file_id, file_name, line_index_in_file)
    let positions = [
        (1, String::from("file1"), 1),
        (1, String::from("file1"), 2),
        (1, String::from("file1"), 20),
        (2, String::from("file2"), 15)
    ];

    print_lines_from_file(&positions);
}

fn print_lines_from_file(found: &[(i32, String, i32)]) {
    for (filename, positions) in &found.iter().group_by_lazy(|pos| &pos.1) {
        println!("Opening file {}", filename);
        // let file = File::open(file_name).expect("Failed to open the file");
        // let file = BufReader::new(file);

        for &(id, _, line) in positions {
            println!("Processing ID {}, line {}", id, line);
        }
    }
}