Jar работает правильно только при запуске из оболочки

Я делаю проект в Eclipse и строю его с помощью Gradle; моя ОС линукс. Странно, что когда я создаю папку в /home/[myuser]/, помещаю в нее банку и пытаюсь ее запустить, она не работает должным образом; когда я запускаю его из оболочки, он работает. Также это работает, если я просто поставлю его в /home/[myuser]. Эта проблема связана с разрешениями? Моя программа пытается создать 2 текстовых файла и прочитать некоторые другие файлы при запуске.