Обновление MySQL возвращает затронутые строки, но фактически не обновляет базу данных.

Самый простой способ, который вы, возможно, захотите изучить, может состоять в том, чтобы ОБРЕЗАТЬ целевую таблицу, а затем просто сохранить в нее импорт XML (с отключенным AI, чтобы при необходимости он использовал импортированный идентификатор). Единственная проблема может быть с правами на это. В противном случае...

То, что вы пытаетесь сделать, можно почти обработать с помощью метода Merge. Однако он не может/не будет знать об удаленных строках. Поскольку метод действует на DataTables, если строка была удалена в базе данных master, она просто не будет существовать в извлечении XML ( против RowState из Deleted). Их можно отсеять с помощью петли.

Точно так же любые новые строки могут получить другой PK для AI int. Чтобы предотвратить это, просто используйте простой PK без AI в целевой базе данных, чтобы он мог принимать любое число.

Загрузка XML:

private DataTable LoadXMLToDT(string filename)
{
    DataTable dt = new DataTable();
    dt.ReadXml(filename);
    return dt;
}

Код слияния:

DataTable dtMaster = LoadXMLToDT(@"C:\Temp\dtsample.xml");
// just a debug monitor
var changes = dtMaster.GetChanges();

string SQL = "SELECT * FROM Destination";
using (MySqlConnection dbCon = new MySqlConnection(MySQLOtherDB))
{
    dtSample = new DataTable();
    daSample = new MySqlDataAdapter(SQL, dbCon);

    MySqlCommandBuilder cb = new MySqlCommandBuilder(daSample);
    daSample.UpdateCommand = cb.GetUpdateCommand();
    daSample.DeleteCommand = cb.GetDeleteCommand();
    daSample.InsertCommand = cb.GetInsertCommand();
    daSample.FillSchema(dtSample, SchemaType.Source);
    dbCon.Open();

    // the destination table
    daSample.Fill(dtSample);

    // handle deleted rows
    var drExisting = dtMaster.AsEnumerable()
                .Select(x => x.Field<int>("Id"));
    var drMasterDeleted = dtSample.AsEnumerable()
                .Where( q => !drExisting.Contains(q.Field<int>("Id")));

    // delete based on missing ID
    foreach (DataRow dr in drMasterDeleted)
        dr.Delete();

    // merge the XML into the tbl read
    dtSample.Merge(dtMaster,false, MissingSchemaAction.Add);

    int rowsChanged = daSample.Update(dtSample);
}

По какой-то причине rowsChanged всегда сообщает столько изменений, сколько всего строк. Но изменения из Master/XML DataTable действительно передаются в другую/целевую таблицу.

Код удаления получает список существующих идентификаторов, а затем определяет, какие строки необходимо удалить из целевого DataTable, исходя из того, есть ли в новой XML-таблице строка с этим идентификатором или нет. Все недостающие строки удаляются, затем таблицы объединяются.

Ключ dtSample.Merge(dtMaster,false, MissingSchemaAction.Add); объединяет данные из dtMaster с dtSample. Параметр false позволяет входящим изменениям XML перезаписывать значения в другой таблице (и, в конечном итоге, сохраняться в базе данных).

Я понятия не имею, являются ли некоторые проблемы, такие как несоответствие AI PK, большой проблемой или нет, но, похоже, это решает все, что я мог найти. На самом деле вы пытаетесь выполнить синхронизацию базы данных. Хотя с одной таблицей и всего несколькими строками вышеописанное должно работать.