обрабатывать типы Java без аннотации

Вам не нужно полагаться на аннотации, чтобы ваш процессор работал. Как объясняется в документации:

Если типы аннотаций отсутствуют, обработка аннотаций все равно происходит, но только универсальные процессоры, поддерживающие обработку «*», могут требовать (пустой) набор типов аннотаций.

Ваш подход к поиску классов немного неуклюжий. Вместо этого вы можете полагаться на родительско-дочерние отношения между пакетами и классами: узнайте имя элемента пакета верхнего уровня, который содержит интересные классы, и спуститесь в этот пакет (и / или его подпакеты), используя Element#getEnclosedElements. В качестве альтернативы вы можете найти один класс внутри этого пакета, а затем перейти к самому верхнему пакету, используя Element#getEnclosingElement. Объект пакета можно получить по имени с помощью Элементы # getPackageElement и объекты классов можно получить по имени с помощью Elements # getTypeElement.

Гораздо менее хрупкий по сравнению с ручным взаимодействием с файлами и каталогами и не сломается, если исходные файлы перемещаются или разделяются между каталогами.

Обратите внимание, что порядок включения - "a single package" -> "class" -> "method" -> ..., родительским элементом каждого пакета является сам пакет, а не его «родительский» пакет (net.example не содержится в net).

Чтобы обработать все элементы, я пропустил, что RoundEnvironment#getRootElements() был списком элементов, который я искал, если процессор был объявлен для обработки всего, используя *.

Итак, чтобы проверить, что все типы были помечены @Responsible, я закончил с

@AutoService(Processor.class)
public class ResponsibleAnnotationProcessor extends AbstractProcessor {
    @Override
    public boolean process(Set<? extends TypeElement> annotations, RoundEnvironment env) {
            List<ElementKind> typeKinds = Arrays.asList(ElementKind.ENUM, ElementKind.INTERFACE, ElementKind.CLASS);
            // let's gather all types we are interrested in
            Set<String> allElements = env.getRootElements()
                    .stream()
                    .filter(e -> typeKinds.contains(e.getKind()))   // keep only interesting elements
                    .map(e -> e.asType().toString())                // get their full name
                    .collect(Collectors.toCollection(() -> new HashSet<>()));
            Set<String> typesWithResponsible = new HashSet<>();

            annotations.forEach(te -> {
                if (Responsible.class.getName().equals(te.asType().toString())) {
                    // We collect elements with an already declared  ownership 
                    env.getElementsAnnotatedWith(te).forEach(e -> typesWithResponsible.add(e.asType().toString()));
                }
            });

            allElements.removeAll(typesWithResponsible);
            allElements.forEach(cname -> processingEnv.getMessager().printMessage(Diagnostic.Kind.ERROR, cname + " must be annotated with @" + Responsible.class.getName() + " to declare a ownership"));
            return false;
    }

    @Override
    public SourceVersion getSupportedSourceVersion() {
      return SourceVersion.latestSupported();
    }

    @Override
    public Set<String> getSupportedAnnotationTypes() {
        // We want to process all elements
        return Collections.singleton("*");
    }
}