где я могу изменить это дурацкое форматирование, я просмотрел все параметры в редакторе/формате, но не нашел ничего полезного! Когда я только что написал блок комментариев: 
и когда я нажимаю SHIFT+ALT+F или Source/Format в блоке комментариев меню, происходит сбой, и вся красота комментария phpDoc уничтожается :(
Поскольку вы пытаетесь поместить блок phpDoc в середину кода, я полагаю, что NetBeans предоставляет вам некоторую комбинацию начального отступа и продолжительного отступа (находится в меню Инструменты|Параметры). |Редактор|Форматирование, где Язык = PHP и Категория = Вкладки и отступы).
Настоящая проблема заключается в том, что комментарии docblock не встречаются в потоке кода. Посмотрите страницу руководства phpDocumentor на документируемые элементы. Комментарии Docblock должны быть в очень определенных местах, например, перед функциями, перед определениями классов, перед операторами определения и т. д.
В вашем случае, если предположить, что блок try-catch находится внутри функции, тогда @todo будет находиться в блоке документов, который появляется непосредственно перед функцией.
В качестве альтернативы вы можете переключиться на стиль комментария «однострочный», например.
// @todo - Fix something with the next line
но это не будет подхвачено в phpDoc. (На самом деле, в вашем примере с докблоком в потоке кода я не уверен, что phpDocumentor его тоже уловит.) Кроме того, он будет иметь отступ как минимум на один уровень от оператора try, поскольку он появляется внутри блока.
