Уникальный указатель на вектор и полиморфизм

Краткая версия: вам не нужен динамический указатель на коллекцию Base; вам нужна коллекция динамических указателей на Base.

Похоже, вы не понимаете, где разместить std::unique_ptr в вашей полиморфной коллекции. Указателями для работы полиморфизма должна быть не коллекция; это объект, удерживаемый внутри.

Например:

#include <iostream>
#include <vector>
#include <memory>

struct Base
{
    virtual ~Base() {}

    virtual void foo() const = 0;
};

class DerivedOne : public Base
{
public:
    virtual void foo() const
    {
        std::cout << "DerivedOne\n";
    }
};

class DerivedTwo : public Base
{
public:
    virtual void foo() const
    {
        std::cout << "DerivedTwo\n";
    }
};

int main()
{
    std::vector< std::unique_ptr<Base> > objs;

    objs.emplace_back(std::make_unique<DerivedOne>());
    objs.emplace_back(std::make_unique<DerivedTwo>());

    // via operator[]
    objs[0]->foo();
    objs[1]->foo();

    // via range-for
    for (auto const& p : objs)
        p->foo();

    // via iterators
    for (auto it = objs.begin(); it !=objs.end(); ++it)
        (*it)->foo();
}

Вывод

DerivedOne
DerivedTwo
DerivedOne
DerivedTwo
DerivedOne
DerivedTwo

Если вы хотите, чтобы сама коллекция управлялась динамически с помощью интеллектуального указателя, это не связано (и несколько сомнительно) с этой проблемой.

Вектор Base не поддерживает полиморфизм. Для этого вам понадобятся ссылки или указатели или даже лучше умные указатели:

auto baseVector = std::make_unique<std::vector<Base*>>();
auto baseVector = std::make_unique<std::vector<std::unique_ptr<Base>>>();

добавить элементы через

baseVector.push_back(std::make_unique<SubClass>());