RcppEigen.h: нет такого файла или каталога во время установки RcppEigen на Centos 7

Я не новичок в R, но не могу понять, что пошло не так. Я просто пытаюсь установить пакет RcppEigen с помощью install.packages('RcppEigen') и получаю указанную выше ошибку.

Приведенная ниже команда (выданная установщиком) завершается ошибкой:

 g++ -m64  -I/usr/include/R -DNDEBUG  -I"/usr/lib64/R/library/Rcpp/include" -I/usr/local/include  -std=c++11 -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches   -m64 -mtune=generic  -c RcppEigen.cpp -o RcppEigen.o

Я установил как R-Rcpp, так и R-Rcpp-devel версии 0.12.12 из репозитория EPEL, а также eigen3-devel v 3.2.5 (не уверен, что это требуется, но в любом случае...)

Я клонировал RcppEigen с Github и попытался собрать в RStudio - та же ошибка.

Makevars имеет PKG_CXXFLAGS = -I../inst/include, но компилятор вызывается, как показано ниже:

g++ -m64  -I/usr/include/R -DNDEBUG  -I"/home/zer0hedge/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/Rcpp/include" -I/usr/local/include  -std=c++11 -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches   -m64 -mtune=generic  -c RcppEigen.cpp -o RcppEigen.o

person zer0hedge    schedule 21.08.2017    source источник
comment
Любое другое сообщение?   -  person F. Privé    schedule 21.08.2017
comment
@ F.Privé Нет. Пробовал подробно с install.packages - не помогло. См. также обновление — я не могу собрать его из клонированного исходного кода.   -  person zer0hedge    schedule 21.08.2017
comment
Должен быть локальным для вашего устройства, так как мы можем протестировать эти пакеты через R Hub на разных платформах, включая CentOS, правда только до CentOS 6, а так же Fedora. Список см. здесь.   -  person Dirk Eddelbuettel    schedule 21.08.2017
comment
У меня есть два компьютера с CentOS 7, и он отлично работает. Попробуйте перезагрузиться и сделать обновления.   -  person F. Privé    schedule 21.08.2017


Ответы (1)


По какой-то причине я определил PKG_CXXFLAGS в $HOME/.R/Makevars. Он ошибочно переопределял PKG_CXXFLAGS в Makevars в каталоге src пакета и предотвращал компиляцию файлов C++.

person zer0hedge    schedule 22.08.2017