Я столкнулся и решил эту проблему давным-давно, но забыл, как я ее решил...
У меня есть n-уровневая структура с 4 проектами (модели, данные, сервис, Интернет) и я не могу заставить Code-First Migrations использовать правильную строку подключения. Я установил строку подключения в Web.Config и установил веб-проект в качестве стартового проекта по умолчанию для решения. Но независимо от того, когда я инициализирую или обновляю миграции, создается новая локальная база данных .mdf по умолчанию.