Почему-то инпуты не правильно воспринимают flex-базу. Вот простейший пример, показывающий, как входные данные не подчиняются и выходят за пределы своего родительского блока (см. jsfiddle):
<div>
<input>
<input>
</div>
<style>
div { display: flex; width: 200px; border: 2px solid red; }
input { flex-basis: 50%; }
</style>
Вот другой, более подробный случай.
Что за черт? :)