Ошибка компиляции библиотеки Armadillo C++ в Ubuntu 16.04

Я довольно новичок в программировании. я установил библиотеку броненосца, используя инструкции по установке в установочном файле, поставляемом с библиотекой.

я установил cmake LAPACK и BLAS, используя следующие команды

sudo apt-get install cmake
sudo apt-get install liblapack-dev
sudo apt-get install libblas-dev

после этого я установил, используя следующие команды

cmake .
make 
sudo make install

Затем после компиляции примера программы я получаю эту ошибку

g++ example1.cpp -o example1 -O2 -larmadillo -llapack -lblas

ОШИБКА:

/usr/bin/ld: warning: libmkl_rt.so, needed by /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
/usr/bin/ld: warning: libhdf5.so.101, needed by /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Fopen'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5T_NATIVE_INT_g'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5check_version'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Ovisit'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Ldelete'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Dget_space'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Gcreate2'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Eget_auto2'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5T_NATIVE_LLONG_g'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Tinsert'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5T_NATIVE_SHORT_g'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Dread'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5T_NATIVE_UCHAR_g'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Tequal'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Sget_simple_extent_ndims'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Fis_hdf5'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Fcreate'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Screate_simple'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5T_NATIVE_DOUBLE_g'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Sget_simple_extent_dims'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Lexists'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Dopen2'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Tcopy'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Dget_type'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5T_NATIVE_ULLONG_g'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5T_NATIVE_UINT_g'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5T_NATIVE_FLOAT_g'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Eset_auto2'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5T_NATIVE_LONG_g'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Sclose'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5open'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Tclose'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5T_NATIVE_SCHAR_g'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Gopen2'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5T_NATIVE_USHORT_g'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Dwrite'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Dclose'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Tcreate'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5T_NATIVE_ULONG_g'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Fclose'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Gclose'
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/../../../x86_64-linux-gnu/libarmadillo.so: undefined reference to `H5Dcreate2

c++ compilation armadillo
person Sai Chaithanya Adapa    schedule 22.03.2018    source источник
comment
В документации на armadilo сказано: в большинстве систем Linux должно быть достаточно использования -llapack -lblas; однако в Ubuntu и Debian вам может понадобиться добавить -lgfortran   -  person Sandro    schedule 22.03.2018

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Решено

У меня установлена ​​библиотека anaconda в моем домашнем каталоге. Таким образом, cmake обнаруживает Intel MKL и другие библиотеки из этой папки. я обновил свою переменную LD_LIBRARY_PATH, чтобы включить эту папку, и проблемы решены.

Просто добавьте следующую строку в /.bashrc, если у вас установлена ​​anaconda в папке

export LD_LIBRARY_PATH=/path_to_lib_folder/lib:$LD_LIBRARY_PATH
person Sai Chaithanya Adapa    schedule 22.03.2018
comment
Я обновил свою LD_LIBRARY_PATH, снова запустил cmake . и sudo make install, и эта проблема все еще существует. - person Brian Wiley; 08.12.2020
comment
Я получаю те же предупреждения Cannot generate a safe runtime search path for target armadillo because files in some directories may conflict with libraries in implicit directories: runtime library [libopenblas.so.0] in /usr/lib/x86_64-linux-gnu may be hidden by files in: /home/coyote/anaconda3/lib runtime library [liblapack.so.3] in /usr/lib/x86_64-linux-gnu may be hidden by files in: /home/coyote/anaconda3/lib - person Brian Wiley; 08.12.2020