перезаписать другую ветку (github) в Smartgit

Вы можете сбросить локальную новую ветку на master, а затем принудительно отправить ее.
Пример сброса с помощью SmartGit можно увидеть здесь.

Даже без smartGit вы можете сделать это в командной строке:

cd /path/to/my/repo
git checkout master
git pull
git checkout newBranch
git reset --hard master
git push --force -u origin newBranch

Однако, как комментирует OP:

Этот сброс удаляет коммиты github и копирует master в другую ветку.
А именно, я хочу зафиксировать весь код master в другой ветке в github, и я не хочу удалять прошлые коммиты.

В этом случае вы можете:

• найдите фиксацию, на которую ссылается newBranch до сброса: см. "Восстановление из git reset --hard?"

То есть:

git checkout newBranch
git reflog show
git reset --hard <oldSHA1 of newBranch>

• извлечь файлы из master (оставаясь в newBranch)

  git checkout newBranch
  git checkout master -- .
  

(обратите внимание на последнюю цифру -- .: «тире-тире-пробел-точка» в конце второй проверки)

• добавить, зафиксировать и отправить: вы будете добавлять, фиксировать и отправлять файлы из master в newBranch, сохраняя при этом историю newBranch.
  Если вы уже отправили newBranch ранее, вам нужно будет принудительно отправить

  git push --force
  

В любом git чтобы ветка указывала на конкретную фиксацию (включая другую ветку), вам необходимо reset. В частности, в smartgit Как оформить заказ и сбросить настройки с помощью smartgit? указывает у вас должен быть reset в вашем gui - просто проверьте новую ветку и сбросьте ее до master.