Используйте autotools с расширением файла .r для заголовка, а не ratfor, а C-программирование

Это правда, что суффикс .h для заголовочных файлов является лишь соглашением, а не правилом. На самом деле вся идея заголовочных файлов как отдельной категории исходных файлов в основе своей традиционна, даже если это соглашение соблюдается самим стандартом. Тем не менее, это очень строгие соглашения.

Automake реализует многие возможности автоматизации, полагаясь на именование и организацию файлов, чтобы соответствовать таким соглашениям. В частности, он распознает типы исходных файлов по суффиксам имен файлов. Насколько мне известно, его правила для этого не настраиваются. Использование стандартных соглашений об именах файлов является одной из затрат при использовании Autotools.

Но можно немного изменить это правило. В частности, обратите внимание, что единственной целью перечисления файлов заголовков в переменной *_SOURCES является обеспечение их упаковки в (исходные) дистрибутивы. Automake не использует его для каких-либо других целей, и, в частности, он не использует его для отслеживания зависимостей. Но есть альтернативный способ сообщить Automake о файлах, которые должны попасть в дистрибутив: перечислить их в значении переменной EXTRA_DIST. Таким образом, удаление файлов .r из переменных *_SOURCES и помещение их вместо них в EXTRA_DIST решит проблему.

Пример:

test.c

#include "test.r"

int x = 1;

int main(void) {
    return x;
}

test.r

#ifndef TEST_R
#define TEST_R

extern int x;

#endif

Makefile.am

bin_PROGRAMS = test

test_SOURCES = test.c
EXTRA_DIST = test.r

(configure.ac опущен — не иллюстрирует)