Принимает ли jQuery.when нативные объекты Promise?

Да, это так. Первый параметр, переданный в then, — это промис, оттуда мы должны снова вызвать result.then(), чтобы получить результат промиса.

$.when(new Promise(resolve => {
  setTimeout(() => resolve('abc123'), 2000)
})).then(result => result.then(data => console.log(data)))

<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.1/jquery.min.js"></script>

Да или нет в зависимости от используемой версии jQuery.

1. jQuery ‹3 ... нет ... $.when() не будет разворачивать собственное обещание js. Он обрабатывает все, кроме своих собственных Deferred/Promises, так же, как и любой другой объект/значение.

// using jQuery 2.1.1
$.when(Promise.resolve('xxxyyy')).then(result => {
    console.log(result);
});

<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.1/jquery.min.js"></script>

2. jQuery 3+ ... да ... в версии 3 jQuery был пересмотрен, чтобы быть (по крайней мере, в этом отношении) совместимым с обещанием /A+ спец. $.when() развернет любое обещание/затем, совместимое с Promise/A+, включая собственные обещания js.

// using jQuery 3.1.1
$.when(Promise.resolve('xxxyyy')).then(result => {
    console.log(result);
});

<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.1.1/jquery.min.js"></script>