Как использовать R с Google Colaboratory?

Google Colaboratory поддерживает Python версий 2.7 и 3.6.

Некоторое время назад я видел пример использования Swift в Colab.

Сегодня мне довелось сбежать

!jupyter-kernelspec list

И нашел новое ядро: IRkernel

Available kernels:
  ir         /usr/local/share/jupyter/kernels/ir
  python2    /usr/local/share/jupyter/kernels/python2
  python3    /usr/local/share/jupyter/kernels/python3
  swift      /usr/local/share/jupyter/kernels/swift

Можно ли теперь использовать R и в Colab? Нет проблем с установкой ядра R?


person korakot    schedule 08.02.2019    source источник


Ответы (7)


да.

Для нового R-notebook используйте эту ссылку. (сокращенно colab.to/r)

Вы можете узнать из демонстраций IRkernel, например demo.ipynb

Сохраните копию на своем Google Диске и внесите необходимые изменения.

Еще 2 демонстрации:

  • Display.ipynb показывает, как отображать HTML, изображения.
  • Comm_Demo.ipynb показывает, как взаимодействовать между R и JavaScript.

Дополнительные сведения см. В IRkernel Github.

person korakot    schedule 08.02.2019
comment
Так что нужно использовать это каждый раз, когда кто-то хочет запустить R в Google Colab ?! Его запуск возвращает некоторое предупреждение (о том, что не авторизован Google). Это безопасно? - person NelsonGon; 14.08.2019
comment
а как установить библиотеки R? - person xxxvincxxx; 09.10.2019
comment
Просто позвоните install.packages("wordcloud"), чтобы установить, например, библиотеку wordcloud. - person korakot; 10.10.2019
comment
Приходится ли вам переустанавливать пакеты каждый раз при загрузке ноутбука? - person Jas; 11.04.2020
comment
Означает ли этот ответ, что нет способа запустить записную книжку R через настоящий пользовательский интерфейс, созданный Google, а есть только способ, включающий секретное заклинание строки запроса? - person Nathan; 30.06.2020
comment
@ Натан Точно. ???? - person korakot; 30.06.2020

Если вы хотите использовать Python и R вместе, вы можете использовать R magic для некоторых ячеек.

# activate R magic
%load_ext rpy2.ipython

Затем, когда вы хотите использовать R, вы начинаете ячейку с %%R

%%R
x <- 42
print(x)

Дополнительные сведения см. В документации по rpy2.

person korakot    schedule 25.04.2019
comment
вам не нужно запускать import rpy2 достаточно load_ext магии - person Buthetleon; 31.05.2019
comment
Хорошо, тогда я вытащу это - person korakot; 31.05.2019
comment
Я полностью понимаю, что использование волшебных команд лучше, чем отсутствие каких-либо вариантов, но вы должны признать, что если вы хотите использовать R на протяжении всей записной книжки, это своего рода чокнутый, что нам пришлось бы добавлять %% R в начало поверх каждого отдельного кодируйте ячейку одну за другой. - person Btibert3; 22.10.2019
comment
Этот ответ хорош только в том случае, если вы хотите смешать немного R в записной книжке Python. Если вы пишете в основном R, воспользуйтесь моим первым ответом выше. - person korakot; 22.10.2019
comment
Также у меня проблемы с установкой пакетов этим методом в Colab. Я хотел установить один пакет, вызвать одну функцию из этого пакета, а затем работать с результатами в Python. Для некоторых пакетов это работает, для некоторых - нет. Я получаю ошибки с зависимостями, например ,installation of package ‘Rmpfr’ had non-zero exit status - person Paloha; 30.03.2020

Откройте эту ссылку в своем браузере, чтобы создать новую записную книжку с R Kernel.

https://colab.research.google.com/notebook#create=true&language=r

person Leon Huang    schedule 17.12.2019

***** Работает с пятницы, 13 ноября 2020 года.

Перейдите по этому URL-адресу https://colab.to/r во время входа в colab, и это должно сработать.

Вы можете проверить, есть ли R в среде выполнения - ›Изменить тип среды выполнения, но он уже должен быть настроен.

введите описание изображения здесь

Чтобы смонтировать Google диск:

install.packages("googledrive")
library("googledrive")

if (file.exists("/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/google/colab/_ipython.py")){ 
  install.packages("R.utils")
  library("R.utils")
  library("httr")
  my_check <- function() {return(TRUE)}
  reassignInPackage("is_interactive", pkgName = "httr", my_check)
  options(rlang_interactive=TRUE)
}                                                                                    

И аутентифицировать Google Диск

drive_auth(use_oob = TRUE, cache = TRUE)
person Nosey    schedule 13.11.2020
comment
Я просто попробовал, и все работает. Однако я все еще не могу смонтировать свой диск. После реализации кода на левой панели появляется значок диска «смонтировать диск», но при нажатии на него в левом нижнем углу отображается уведомление о том, что «подключение диска Google доступно только в размещенных средах выполнения python». Я не знаю, есть ли обходной путь, это будет очень полезно - person M Terry; 16.11.2020
comment
Привет, @Nosey, не могли бы вы подробнее рассказать о сцене для установки привода? Вы все еще можете получить URL-адрес для получения кода аутентификации? он возвращает ошибку: не удается получить учетные данные Google. Вы запускаете googledrive в неинтерактивном сеансе? . Я не вижу значка монтируемого диска, упомянутого MTerry ... - person hamagust; 14.04.2021
comment
@ hamagust, может, посмотреть, существует ли этот файл? Мой каталог python 3.6 пуст, у python 3.7 этот путь. Он устанавливает библиотеки, если я изменяю 3.6 на 3.7, но я не могу найти свои файлы. Думаю, ответ здесь. Я вернусь, когда у меня будет время. Сообщите нам, если решите. - person Nosey; 16.04.2021

Обновление: это больше не работает (июль 2020 г.).

Вышеупомянутая ссылка на ответы выше ведет непосредственно к ноутбуку R, там у вас есть возможность переключения между R или python. Странно, что Google меняет сервисы именно так. Следовательно, stackoverflow не является отличной платформой для продвижения инструментов, созданных компаниями, занимающимися коммерцией / продажей данных.

Старый ответ:

введите описание изображения здесь

На данный момент, если вы щелкните Runtime в строке меню и затем выберите Change Runtime Type, вы можете выбрать между R или Python. Изменение времени выполнения в Colab

person x85ms16    schedule 24.04.2020
comment
Когда мы нажимаем изменить тип среды выполнения в новом ноутбуке, мы просто можем изменить параметр «Аппаратный ускоритель». Какие-либо предложения? - person Luis; 15.07.2020
comment
Похоже, гугл убрал возможность менять ядро. Позвольте мне покопаться и вернуться к этому. - person x85ms16; 15.07.2020
comment
Большое спасибо. Кажется, Google заставляет нас использовать Python в Google Colab. - person Luis; 16.07.2020

Чтобы расширить предыдущий ответ, вот как вы можете перемещать фреймы данных между ядрами R и Python, чтобы вы могли работать с обоими в одной записной книжке (например, если вы хотите загружать данные с помощью Pandas, обработайте их с помощью пакета R, а затем нарисуйте его с помощью боке).

# Pandas dataframe to R data frame
!pip3 install rpy2
%load_ext rpy2.ipython
%R -i df
# R data frame to Pandas dataframe
%R seq.data <- read.delim('sequence.index', header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)
seq_data = %R seq.data
person rchurt    schedule 09.07.2020

Еще один быстрый способ - заменить postix, .ipynb в заголовке colab на .r
Пример: измените имя Untitled.ipynb на Untitled.r, и все работает отлично!

person pari    schedule 12.12.2020
comment
Я только что попытался сделать это с рабочим блокнотом .ipynb, и это не помогло ... Среда выполнения должна меняться автоматически? - person TopCoder2000; 04.05.2021