Как установить тему для всего приложения в коде, но не в манифесте?

Вы не можете применить его ко всему приложению из Java, если только вы не используете код Java для изменения файла манифеста. Другие действия, к которым вы хотите применить тему, могут даже не выполняться, так как же Android применит к ним тему? И после выхода и возврата в вашу программу все изменения будут потеряны, и вам нужно будет снова применить тему.

getApplicationContext действительно возвращает контекст приложения, но только потому, что метод принимает Context, не означает, что передача ему ApplicationContext внезапно заставит его повлиять на все приложение. На самом деле это не так и будет работать так, как если бы вы использовали обычный контекст.

Скорее, важность разных контекстов заключается в том, что они существуют в течение разного времени: контекст действия создается и уничтожается вместе с действием, а контекст приложения создается при запуске первого компонента приложения и уничтожается при уничтожении последнего компонента.

Я потратил много времени на то, чтобы заставить это работать, и теперь в моем приложении есть выбираемые темы Light и Dark, которые можно даже выбирать динамически, сразу же вступая в игру, включая Prefs. Ниже приведен ресурс, который я использую, с комментариями некоторых других идей, с которыми я играл на каком-то этапе.

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<resources>
    <!--The base theme ensures nothing is shown until the first activity. All activities and fragmenst must-->
    <!--set a them in onCreate or in AndroidManifext or they wil crash because of no title.-->
    <!--Using Theme.Holo.NoActionBar suppresses the ActionBar initially so Icon doesn't show until new theme is set.-->
    <style name="MyAppThemeInitial" parent="@android:style/Theme.Holo">
        <!--<item name="android:windowBackground">@color/initial_background_grey</item>-->
        <!--<item name="android:actionBarStyle">@style/MyActionBar</item>-->
        <item name="android:windowDisablePreview">true</item>

    </style>
    <style name="MyAppThemeDark" parent="@android:style/Theme.Holo">
        <item name="android:windowBackground">@color/black</item>
    </style>
    <style name="MyAppThemeLight" parent="android:Theme.Holo.Light">
    <item name="android:windowBackground">@color/white</item>
    </style>


<!--&lt;!&ndash;This is so that only the icon is showing in the intial theme&ndash;&gt;-->
    <!--&lt;!&ndash; ActionBar styles &ndash;&gt;-->
    <!--<style name="MyActionBar" parent="@android:style/Widget.Holo.ActionBar">-->
        <!--<item name="android:background">@android:color/transparent</item>-->
        <!--<item name="android:titleTextStyle">@style/MyActionBarTextAppearance</item>-->
    <!--</style>-->

    <!--<style name="MyActionBarTextAppearance">-->
        <!--<item name="android:textColor">@android:color/transparent</item>-->
    <!--</style>-->

</resources> 

Ключевым элементом здесь является

<item name="android:windowDisablePreview">true</item>

и это заняло у меня некоторое время, чтобы понять. Мое приложение выполняет тяжелую работу при запуске, поэтому было важно, чтобы обязательная тема манифеста не отображалась перед той, которую я установил в onCreate.

Чтобы иметь возможность перезапускать приложение динамически, я проверяю, было ли приложение запущено/перезапущено таким образом.

SharedPreferences sp = PreferenceManager.getDefaultSharedPreferences(getApplicationContext());
boolean useThemeLight = sp.getBoolean("useThemeLight", false);
//Since this Activity can also be started by the Theme Toggle in the Action bar we need to see if
//there is a TOGGLE_THEME extra which only it uses
Intent curIntent = this.getIntent();
if (curIntent.getExtras() != null && curIntent.getExtras().containsKey(TOGGLE_THEME)) {
    if(curIntent.getStringExtra(TOGGLE_THEME).equals("Dark")){
        this.setTheme(R.style.MyAppThemeDark);
        CurrentTheme = "Dark";
    }else{
        this.setTheme(R.style.MyAppThemeLight);
        CurrentTheme = "Light";
    }
    activityThemeToggleActive = true;
} else {
    if (useThemeLight) {
        this.setTheme(R.style.MyAppThemeLight);
        CurrentTheme = "Light";
    } else {
        this.setTheme(R.style.MyAppThemeDark);
        CurrentTheme = "Dark";
    }
}

В настройках я делаю это.

SharedPreferences sp = PreferenceManager.getDefaultSharedPreferences(getApplicationContext());
boolean useThemeLight = sp.getBoolean("useThemeLight", false);
if (useThemeLight) {
    this.setTheme(R.style.MyAppThemeLight);
} else {
    this.setTheme(R.style.MyAppThemeDark);
}

Надеюсь, это поможет вам начать. С уважением, Джон.

Вызовите setTheme перед super.onCreate(), как показано ниже.

  public void onCreate(Bundle icicle) {
           if(Utility.isThemed)
             setTheme(R.style.Mytheme);
           super.onCreate(icicle);
    .....
    .....
}

В setTheme в документации написано:

Обратите внимание, что это следует вызывать до того, как будут созданы экземпляры каких-либо представлений в контексте (например, перед вызовом setContentView(View) или inflate(int, ViewGroup)).

Вы позаботились об этом?

Вы можете создать BaseActivity. Измените свой стиль в этом действии. Все ваши действия наследуются от этого действия.

Я использую пользовательскую активность для всех действий в моем приложении.

Затем я проверяю значение предпочтения в onCreate моей унаследованной активности, например.

public class MyCustomActivity extends Activity {

protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
        SharedPreferences prefs = PreferenceManager
                .getDefaultSharedPreferences(this);
        if(prefs.getBoolean("use_light_theme",false)==true)
        {
            setTheme(R.style.AppThemeLight);
        }
        super.onCreate(savedInstanceState);

}

//стили.xml

    <!-- Base application theme. -->
    <style name="AppTheme" parent="android:Theme.Holo">
        <!-- Customize your theme here. -->
    </style>
    <style name="AppThemeLight" parent="android:Theme.Light">
        <!-- Customize your theme here. -->
    </style>