Как уменьшить размер цитирования (например, [1]), сгенерированного тегом \cite{1} в латексе

Я бы посоветовал вам изучить natbib, который улучшает использование цитирования по сравнению с ванильным LaTeX и позволяет намного проще настройка. Чтобы цитаты отображались в верхнем индексе ^[1], вы должны добавить параметр super; числа в квадратных скобках активируются numbers и square соответственно, т.е.

\usepackage[square, numbers, super]{natbib}

в преамбуле вашего документа. Мне также нравится использовать запятые для разделения записей (comma) и активировать автоматическое сжатие смежных ссылок^[1-12,42] (sort&compress).