Как загрузить несколько файлов с помощью r, итеративно обновляя строку из URL-адреса, используя список

Я хочу загрузить более 100 файлов с sf.rds" rel="nofollow noreferrer">https://biogeo.ucdavis. edu/data/gadm3.6/Rsf/gadm36_AGO

strin<-structure(list(iso3c = c("DZA", "AGO", "BWA", "BDI", "CMR", "CPV"
)), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, 
-6L))
sf.rds. Единственная строка, которая меняется в URL-адресе, — это «AGO», которая должна быть заменена другой строкой, такой как «DZA», взятой из списка. Например, sf.rds" rel="nofollow noreferrer">https://biogeo.ucdavis.edu/data/gadm3 .6/Rsf/gadm36_DZA
strin<-structure(list(iso3c = c("DZA", "AGO", "BWA", "BDI", "CMR", "CPV"
)), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, 
-6L))
sf.rds загрузит другой файл. Я был бы признателен за любую помощь в создании функции, которая загружает итеративно с помощью r и записывает файлы в рабочий каталог.

Список строк для повторения:

strin<-structure(list(iso3c = c("DZA", "AGO", "BWA", "BDI", "CMR", "CPV"
)), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, 
-6L))

Моя попытка:

list1 = strin %>% unlist(.)

for (i in list1){
  urls <- lapply(list1
                 , function(i) paste0("https://biogeo.ucdavis.edu/data/gadm2.8/rds/", i, "_adm2.rds" ) %>% as.character(.)
  )
}

for (u in urls){
  url <- lapply(urls, function(u) GET(u,write_disk(tempfile(fileext = ".RDS")))
  )
}

infolist1 =rownames_to_column(
                  data.frame(
                    as.matrix(
                      unlist(
                        lapply(url, `[`, c('url', 'status_code', 'content'))
                        )
                      )
                    )
                  , var = "rowname")

infolist1$rowname= gsub(".*\\.","",infolist1$rowname) 
colnames(infolist1) = c("rowname", "data1")

c2 = infolist1 %>%  subset(., rowname == "status_code", select = c(data1)) 
c3= infolist1 %>%   subset(., rowname == "content", select = c(data1)) 

infolist1 = cbind(c2,c3)  %>% unlist(.)
rm(list=c('c2', 'c3'))
colnames(infolist1) = c("urlx", "filestatus", "filepath")

Сообщение об ошибке:

Ошибка в colnames‹-(tmp, value = c("urlx", "filestatus", "filepath" : попытка установить 'colnames' для объекта с менее чем двумя измерениями'

Заранее благодарю за любую помощь.


rstudio r url function downloadfile
person Krantz    schedule 09.09.2019    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Вы показываете много дополнительного кода, выходящего за рамки вопроса из вашего заголовка.

Чтобы скачать файлы, я бы использовал download.file

strin<-structure(list(iso3c = c("DZA", "AGO", "BWA", "BDI", "CMR", "CPV"
)), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, 
-6L))

for (ss in strin$iso3c)
    download.file(
        paste0("https://biogeo.ucdavis.edu/data/gadm2.8/rds/", ss, "_adm2.rds"),
        paste0(ss, "_adm2.rds"))

Это сохраняет все файлы (кроме "CPV_adm2.rds", которого, похоже, не существует) в текущей рабочей папке.

person Maurits Evers    schedule 09.09.2019
comment
Спасибо за это, @Maurits_Evers. Я все еще пытаюсь понять, почему он не работает для некоторых URL-адресов. Я буду держать вас в курсе. - person Krantz; 09.09.2019
comment
@Krantz Я все еще пытаюсь понять, почему он не работает для некоторых URL-адресов Вы уверены, что эти файлы существуют? Например, в приведенном выше примере файл "CPV_adm2.rds" не существует. - person Maurits Evers; 09.09.2019
comment
Еще уточняю. - person Krantz; 09.09.2019
comment
Спасибо. Оно работает. Я смог решить свою проблему, используя ваш ответ. Очень полезно. Большой. - person Krantz; 09.09.2019
comment
@Krantz Пожалуйста, рад, что это было полезно. Удачи в вашей работе. - person Maurits Evers; 09.09.2019