Различные инструменты взрыва

В настоящее время я ищу коммерческие и некоммерческие взрывные инструменты. Я несколько раз использовал NCBI blast для своих местных поисков взрыва, но теперь я ищу интересные альтернативы. Во время поиска я нашел несколько интересных результатов, таких как CUDA-Blast, GPU-Blast, WU-Blast, BlastStation2, mpiBlast и Turboblast. Кто-нибудь сталкивался с этими инструментами? Или есть какие-то похожие инструменты, такие как BlastStation2, которые я пропустил? Какие важные коммерческие или некоммерческие инструменты для дробеструйной обработки я пропустил?

Я действительно ценю твою помощь.

Спасибо,

Бет


bioinformatics blast
person Beeth    schedule 05.05.2011    source источник
comment
Совет: для вопросов, связанных с биоинформатикой, также есть biostar.stackexchange.com.   -  person BioGeek    schedule 02.03.2012

Ответы (2)


arrow_upward
1
arrow_downward

вы можете проверить http://www.sequenceserver.com Это открытый исходный код. Это позволяет очень легко быстро настроить локальный сервер BLAST, к которому вы получаете веб-интерфейс. (Это означает, что вы также можете поделиться им с коллегами).

Отказ от ответственности: я один из разработчиков.

Ваше здоровье,

Янник

person Yannick Wurm    schedule 13.06.2011

arrow_upward
1
arrow_downward

Вы также должны взглянуть на программы FASTA, которые предоставляют те же функции сравнения и многое другое. Программы FASTA могут создавать выходные данные BLAST, поэтому конвейеры анализа требуют минимальной модификации.

http://faculty.virginia.edu/wrpearson/fasta

person Bill Pearson    schedule 02.03.2012